在用酒精沉淀出DNA（DNA抽提中的步骤一）后剩余的苯酚—乙醇上清中可以抽提出蛋白。沉淀的蛋白可通过蛋白[质]印迹法对样品中某一特殊的蛋白质进行分析。
试剂所需，但没有随同提供的物品：
* 异丙醇
* 0.3M盐酸胍(用95%酒精配制)
* 无水乙醇
* 1% SDS
1.蛋白质的沉淀
用异丙醇从苯酚—乙醇上清中沉淀蛋白（大约每1 ml TRIZOL试剂会剩下0.8 ml苯酚—乙醇上清液）。最初匀浆化时每1 ml TRIZOL试剂加1.5 ml异丙醇。将样品于15—30℃下放置10分钟，然后在2—8℃下以12,000×g的离心力离心10分钟。
2.蛋白质的洗涤
除去离心后的上清液并用0.3M盐酸胍(用95%酒精配制)洗涤蛋白沉淀3次。按照最初匀浆化时每1mlTRIZOL加2 ml洗涤液。在每一洗涤周期中，蛋白质和洗涤也要在15—30℃下作用20分钟然后在2—8℃下以7,500×g的离心力离心5分钟。最后的一次洗涤完成后，加2 ml无水乙醇旋涡振荡溶解蛋白沉淀，混合物在15—30℃下放置20分钟后再在2—8℃下以7,500×g的离心力离心5分钟。
3. 蛋白质沉淀的再溶解
真空干燥蛋白质沉淀5—10分钟。移液管吸取1% SDS溶解蛋白质。要完全干燥蛋白质沉淀可能要求将蛋白质样品置于50℃洪箱中干燥。对于其中的任何不溶性的沉淀物可以在2—8℃下 10,000×g的离心力离心10分钟去除，并将上清液转移到一干净的试管中。这时样品已经可以用于Western blotting或保存于-5—-20℃为将来备用。
蛋白抽提注意事项：
1.溶于0.3M盐酸胍(用 95%酒精配制)或者溶于无水乙醇中的蛋白质沉淀可以在2—8℃下存放至少一月，在-5—-20℃下至少存放一年。
2.以下均为更有效回收蛋白可选的方案。在2 — 8℃下用0.1% SDS透析苯酚-酒精上清液3次。以10,000×g的离心力高速冷冻离心透析后的物质10分钟，再用清洁的上清液做Western blotting。
3. 只要SDS的浓度足够低(&0.1%)不至于干扰测定，蛋白质就可以用Bradford法进行定量分析。没有洗涤剂干扰的方法，不依赖 A260/A280值测量蛋白质含量的方法均可使用（因为残留的痕量苯酚可能使得蛋白质的浓度被高估）。
疑难解答：
蛋白质抽提
•产量低
1.样品匀浆化或裂解不完全。
2.终DNA不完全再溶解。
•蛋白质降解
从动物身上取下的组织没有立即处理或冰冻
• PAGE上的条带变形
蛋白质沉淀洗涤不充分
