1 导论
聚合酶链式反应（PCR）以其优越性极大地影响到了分子生物学的几乎所有领域，并以其基本程序和DGGE（denaturing gradient gel electrophoresis），开发出多种检测核苷酸变异的方法。 RAPD（Random Amplifed Polymorphic DNA）就是其中的一种，它是1990年美国杜邦公司科学家 J. G. K. Williams和加利福尼亚生物研究所J. Welsh领导的两个小组几乎同时发展起来的一项新技术。Williams称之为 RAPD，Welsh叫它AP-PCR（Arbitrary Primer PCR）（Welsh J et al, Nucl Acids Res, 1990(18):7213; Williams J G K et al, Nucl Acids Res, 1990(18):6531）。与常规PCR相比，RAPD主要有以下的自身特点：①无需专门设计RAPD扩增反应的引物，也无需预知被研究的生物基因组核苷酸顺序，引物是随机合成或是任意选定的。引物长度一般为9～10个寡核苷酸。②每个RAPD反应中，仅加单个引物，通过引物和模板DNA链随机配对实现扩增，扩增没有特异性。③退火温度较低，一般为36℃，这能保证短核苷酸引物与模板的稳定配对，同时也允许了适当的错误配对，以扩大引物在基因组DNA中配对的随机性。④较之常规PCR，RAPD反应易于程序化。利用一套随机引物，得到大量DNA分子标记，可以借助计算机进行系统分析。
RAPD作为单引物的PCR扩增产物，其产生机理是引物首先结合到模板链，沿模板5’端方向延伸而产生不同长度的DNA片段，然后以这些片段为模板继续大量扩增。由于RAPD反应中，在3’端没有相应引物和模板互补，这样必然存在一个由引物沿模板DNA 5’端方向延伸后再在3’端形成同一引物互补序列的过程。有人提出，在RAPD反应过程中，扩增可能存在一些这样的分子模式：①5’端带有引物的单链DNA分子在3’端发生折转、自身结合和延伸，并在3’端形成同一引物的互补序列，变性展开后即可成为单引物PCR扩增的模板分子。②通过两条5’端各带同一引物的单链DNA分子拼联来实现。③对基因组DNA分子的颠倒重复序列而言，如果引物的结合位置正好处于这些序列的3’端，那么在其DNA片段的两条单链上就分别具有一个引物的结合位置和它互补的序列，成了RAPD扩增的模板分子。在双引物通用PCR中这种情况很少，但由于RAPD所用引物短，又在低温下退火，这增加了引物和颠倒重复序列结合的机会，完全有可能产生RAPD。
2 试验条件
【药品试剂】
模板DNA（10～100ng）
寡核苷酸引物（20mmol/L贮存液，可向Operon Technologies或Perkin Elmer公司购买，也可以自己合成）
0.2 mmol/L dNTPs（必须使用高质量的dNTPs，这一点非常重要。dNTPs经反复化冻后会发生降解，因此应分成小份保存。应注意混合物中四种dNTP的量要相等）
Taq DNA 聚合酶（Perkin Elmer, Norwalk, Connecticut）
10×PCR缓冲液（500 mmol/L KCl, 15 mmol/L MgCl2, 100 mmol/L Tris·HCl, pH 8.3）
矿物油
电泳所需试剂
【仪器设备】 (生物秀实验频道——专业生物实验中心 www.bbioo.com)
PCR扩增仪
电泳装置
微量离心机
微量移液器（1～20ml和20～200ml）
0.5 ml Eppendorf管
紫外线观察装置及照相设备
3 操作程序
（1）在冰里向无菌的Eppendorf管中加入以下反应物：
水 14.75 ml
10×缓冲液 2 ml
10×dNTPs 2 ml
引物（20 mmol/L） 0.2 ml
Taq DNA聚合酶
终体积
DNA（10～100ng） 1 ml
石蜡油 20ml
（2）93℃反应2 min后开始如下循环：
93℃ 变性反应1min
36℃退火反应1min
72℃延伸反应1.5min
经过45个循环后，最后一个循环72℃增加5min，循环结束后反应产物置于4℃保存。
（3）20ml反应产物走凝胶电泳，经溴化乙锭染色检测扩增的情况。
4 应注意的问题及其解决方法
（1）扩增偏差或无扩增。
――在部分或全部管中缺少一个组分。重复少量几个反应以确定所有的PCR组分是否都已加入。
――PCR抑制物可能与DNA一起纯化，改变DNA的浓度。
――在DNA分离中加入一个清洗步骤（如苯酚抽提）。
――稀释新的DNA溶液。
――引物母液失效。重新配制母液，使用不同的引物或提高引物浓度。
――延长退火时间（在 PCR程序中的第二部分），或降低升温转换步骤之间的速率。
――提高每个反应中的Taq聚合酶的浓度。
――补加新的组分，该灭菌的都高压灭菌。
（2）扩增结果差，条带模糊或难以辨认。
――更换Taq聚合酶缓冲液。
――检查引物（使用另外一个引物，或者将引物末端标记，在 16% 6mol/L尿素聚丙烯酰胺胶上电泳检测）。
――检查Taq聚合酶活性（与不同批量的酶作比较）。
――改变DNA浓度。
（3）高相对分子质量产物弥散状分布<4kb。
――降低DNA浓度。
――降低Taq聚合酶浓度。
――减少凝胶上样量。
―― 可能是由于循环数过多的结果（Bell和Demarini 1991），减少循环数。
――确认是否使用正确的缓冲液（不是水！）制备凝胶。
―― 在较低的电压下电泳。
（4）在对照和所有检测样品中均为一条很强的单一带。
――确认引物序列不是回文结构。这可能是引物多聚体造成的结果。使用不同的引物。
（5）带谱不可重复。
――DNA过多或过少。把基因组DNA浓度控制在10～100ng范围之内，DNA量太少时，“真正”靶序列与引物的结合效率低，因此引物扩增会产生假的条带，这就称为引物伪迹；DNA量太多会导致错误配对（指引物与基因组DNA的配对）。每个样品进行两个不同DNA浓度的反应。
――只考虑主要条带。
（6）染色后凝胶背景太强影响分辨率。
―― 减少染色时间。
――凝胶脱色时间延长。
――PCR反应中DNA含量或Taq聚合酶过多。
（7）低相对分子质量产物分离不充分。
――在更高浓度的琼脂糖凝胶、专业纯凝胶或聚丙烯酰胺凝胶上分离产物。
5 RAPD分析的优越性和不足
RAPD是一种全新且有效的遗传标记，与其他分子标记相比，具有许多优越之处：
①合成一套引物，可用于不同生物基因组的分析。相对来说，RFLP标记具种族特异性，这限制了其应用。
②RAPD技术简便易行，省力省时。不需要RFLP分析的预备工作，如克隆制备、同位素标记、Southern印迹和分子杂交。并且RAPD检测灵敏方便，用荧光染料或同位素标记均可检测，这大大增加了其分析速度。即使用序列胶来分析RAPD，单独一人仅用36小时便能完成120个样品的分析，而RFLP至少要花一周时间。
③RAPD分析所需样品DNA量极少。仅为RFLP的1/1000～1/200，这对于生物早期取样鉴定或DNA受限制的情况大有益处。
④由于RAPD用于构建基因图谱时不需要克隆，这可打破克隆载体和宿主的限制，扩大了应用范围。
⑤每个RAPD标记相当于基因组分析中的靶序列位点，这对共同协作的研究项目，可简化信息的转移过程。
⑥RAPD标记可以对那些RFLP难以区分的基因组区域作出遗传连锁图。⑦RAPD分析能自动化，减少了象RFLP那样的麻烦手续。
然而，RAPD标记也存在某些不足。比如，RAPD标记难以区分开杂合子和纯合子基因型，不能有效的鉴别出杂合子。另外，RAPD反应易受外界因素影响，重复性不太令人满意，等等。因此，使 RAPD实验条件标准化就很重要了。Black（1993）综述了一些影响条带的书目、大小和强度的因素，其中包括PCR缓冲液。dNTP和Mg2+浓度、循环参数（退火温度、变温时间、PCR仪）、Taq聚合酶来源（Schierwater和Ender，1993）、DNA条件和含量（Black 等，1993）。
6 RAPD分析在分子生药学中的应用
目前，RAPD标记已被广泛应用于分子生药学各方面：
①生物多样性：随着植物药研究的不断深入，可持续开发利用药用植物资源的问题越来越受到重视。应用RAPD技术进行药用植物生物多样性研究，可以在遗传多样性水平上了解天然产物多样性与物种、生态及地理分布的关系，挖掘潜在的药物资源，为开发新药寻找途径。RAPD方法可以检测物种的遗传多样性，探讨物种的亲缘关系和进化趋势。因此它是药用植物资源保护和种质资源保存的依据，特别是对濒危物种的研究更具有实际意义。（舒艳群, 白守梅, 陈毓亨. RAPD技术在药用植物研究中的应用. 中草药, 1999,30(2):147）
②RAPD标记可用于生药分类，在 DNA分子水平上鉴别生物不同种、亚种、变种甚至株。
③RAPD标记可用来制作生物类生药系统发育关系上的树状图，特别是种内水平。这为生药亲缘进化关系,寻找新的药用资源开辟了新途径。
④RAPD标记可用于构建基因图谱，进行基因定位，和对未知序列的DNA片段扩增与测序。
⑤RAPD 标记亦可用于遗传连锁图谱的构建，指导药用植物育种，防止品种间杂化和自交，选育优良性状的品种。
