RAPD（Randomly Amplified Polymorphic DNA），意为随机扩增多态性DNA，是利用PCR技术进行随机扩增，把扩增的DNA片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据DNA条带的多态性来反应模板DNA序列上的多态性。RAPD同AFLP、SSR等分子标记一样都基于PCR扩增，只是RAPD分析只需要一个引物，其引物长度一般为10个核甘酸，其序列是随机的，不同核甘酸序列的引物均有商品出售。
单引物扩增是通过一个引物在两条DNA互补链上的随机配对来完成。由于基因组DNA的差异，使引物与模板的结合位点及这些位点之间的距离不同，使PCR扩增后的片段大小表现出多态性。在基因组DNA分子内可能存在或长或短被间隔开的颠倒重复序列，如果这些序列与引物能碱基配对，则在两条单链上就会出现该引物的结合位点，结合位点的数量取决于这种重复序列的多少。不同DNA分子中这种颠倒重复序列间隔的长短不同，扩增条带的大小就不同，即表现出多态性。
10碱基引物理论上有 410 种组合，不同引物检测的模板序列不同，用足够多的引物可覆盖基因组全序列，检测位点多，可以在完全不知道分子生物学背景的情况下对基因组进行分析，是研究植物系谱关系、起源与进化、遗传多样性及分子标记辅助育种的简单易行的方法；此外，外源基因转化后，转基因植株与非转基因植株相比，外源基因插入的部位导致基因组DNA序列不同或重排，当引物适宜时，扩增条带的长短就会不同，RAPD技术可以检测出对照植株和转化植株PCR产物带型的区别。
由于随机引物短，与模板结合的退火温度低，易出现碱基错配，因此在实验中要严格操作程序及条件，使RAPD分析的结果较为稳定。因其费用较低，方便易行，模板DNA用量少，不需要同位素，安全性好，继RFLP之后得到广泛应用；且操作上比AFLP、SSR等分子标记较为简便易行，因此，多数种类的栽培植物在资源多样性、分子标记等方面都有大量RAPD的研究报道。
本实验目的是学习RAPD技术的原理，掌握RAPD的操作及分析方法。
一、试材及用具
试材:植物基因组DNA。
用具:PCR仪，1μL、10μL、20μL、100μL微量移液器及吸管，PCR管（200μL或500μL）及管架，1.5 mL离心管及管架，离心机，记号笔，磁力搅拌器，高压灭菌锅，电泳仪，电泳槽，电炉，三角瓶，紫外透射仪、凝胶成像系统。
药品:10 核苷随机引物、dNTP、琼脂糖、耐热DNA聚合酶［TagDNA聚合酶，与酶一起的还有两种药品，分别是10× PCR Buffer（500 mmol/LKCL、pH 9.0的100 mmol/L Tris-Cl、1.0%Tritonx
