vWF III位点扩增片段长度多态性试验

2010-04-03 10:58 · ada

【实验原理】 扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphisms,Amp-FLP)根据PCR技术原理,针对靶基因座的侧翼序列设计一对特异性引物,采用适当的PCR 反应体系和热循环条件,可扩增出该基因座等位基因。PCR 产物经电泳分

【实验原理】

扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphisms,Amp-FLP)根据PCR技术原理,针对靶基因座的侧翼序列设计一对特异性引物,采用适当的PCR 反应体系和热循环条件,可扩增出该基因座等位基因。PCR 产物经电泳分离、显带后,杂合子为两条长度不等的片段,纯合子为一条片段。根据片段长度判定等位基因和基因型。

vWF III 位点是以TCTA 四个核苷酸为重复单位的短串联重复位点,位于vWF 基因第40内含子中。

【实验仪器】

Ependoff 管、微量加样器、台式离心机、PCR 扩增仪、电泳仪、电泳槽

易生物仪器库:https://www.ebioe.com/yp/product-list-42.html

易生物试剂库:https://www.ebioe.com/yp/product-list-43.html

【实验试剂】

1.引物(10umol/L) 2.Taq DNA 聚合酶(0.5U/ul)

3.10× buffer 4.dNTP(每种25mM)

5.无菌去离子水 6.液体石蜡

7.聚丙烯酰胺母液(T=30%,C=5%) 8.TEMED(四甲基乙二胺)

9.PAS(10%过硫酸铵) 10.TBE(1X, 5X)

11.尿素

12.上样缓冲液—0.25%溴酚蓝,0.25%二甲苯青,98%甲酰胺

13.固定液—10%冰醋酸

14.染色液—2g AgNO3,3ml 37%甲醛溶于2L 水中

15.显色液—60g Na2CO3,3ml 37%甲醛,400ul 12%硫代硫酸钠溶于2L 水中

【实验方法】

一、 PCR 扩增

1 PCR 扩增体系:无菌去离子水 8.5ul

10X Buffer 2ul

引物1 2ul

引物2 2ul

dNTP 1.5ul

Taq 酶 2ul

DNA 模板 2ul

总体系20ul(最后加模板),其中含有1.5mmol/L MgCl2,50mmol/L KCl,10mmol/L Tris

•HCl(pH8.4),dNTP 各187.5umol/L,Taq DNA 聚合酶1U,引物各1.0umol/L,模板DNA 50~100ng。

2.PCR 扩增条件:94℃预变性35sec;94℃变性45sec,58℃退火和延伸4min,30 次循环后于72℃继续保温8min。

二、 PCR 扩增产物的检测

聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染:

凝胶制备: 聚丙烯酰胺母液(T=30%, C=5%) 4ml

5X TBE 4ml

尿 素 8.4g

加水至20ml, 配成终浓度T=30%, C=5%的工作液。在工作液中加入200ul PAS 和20ul TEMED 充分混匀后迅速灌入凝胶模,水平放置30min 凝集后即制成聚丙烯酰胺凝胶。

电泳:将凝胶板置于电泳仪上,电极缓冲液为1X TBE,将加有1/5 体积上样缓冲液的PCR 扩增产物上样电泳,10W 电泳1h 左右停止电泳。

显谱: 200ml 固定液中固定30min。

蒸馏水洗3 次,每次3min。

200ml 染色液中染色30min。

蒸馏水快速冲洗凝胶一遍(20s 以内)。

加入200ml 显色液,5min 左右显色。

加入10%冰醋酸终止显色,水洗后凝胶干燥保存。

三、结果判读与分析

根据片段长度判定等位基因和基因型。杂合子为两条长度不等的片段,纯合子为一条片段。

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