SYBR Green Ⅰ荧光染料：是一种只与双链DNA小沟结合的染料，当它与DNA双链结合时，发出荧光；从DNA 双链上释放出来时，荧光信号急剧减弱。SYBR Green I 的最大吸收波长约为497nm，发射波长最大约为520nm。在PCR 反应体系中，加入过量SYBR 荧光染料，SYBR 荧光染料特异性地掺入DNA 双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR 产物的增加完全同步，因此，在一个体系内，其信号强度代表了双链DNA分子的数量。它的缺点在于能与非特异性双链DNA（如引物二聚体）结合，要跑电泳看特异性。
比较阈值法是Livak和Schmittgen提出的，他们根据数学推导得出目的基因的量=2-△△CT，在该公式中，Ct是热循环仪检测到反应体系中荧光信号的强度值，ΔΔCt=(Ct，目的基因-Ct，管家基因)实验组-(Ct，目的基因-Ct，管家基因)对照，或△△Ct = [Ct GI(未知样品)-Ct GAPDH(未知样品)]- [Ct GI (校正样品) - CtGAPDH (校正样品)]。GI是目的基因，校正样品是任何被选做代表1倍目的基因表达量的样品。所以，2-^^Ct表示的是实验组目的基因的表达相对于对照组的变化倍数，使用这一方法可以直接得到的目的基因相对于管家基因的定量。这一公式基于这样一种假设：目的基因的扩增效率与看家基因的扩增效率相同，并且目标基因扩增一倍其Ct值减少一个循环，统计学结果表明这一方法的结果也是相当可靠的。
