RT-PCR检测汉坦病毒基因及分型

2010-03-12 15:48 · Aaron

材料: (1)急性期病人血清、鼠肺、鼠血或分离的汉坦病毒 (2)引物: 引物 序列(5’~3’) 位置 片段(bp) 逆转录引物 TAGTAGTAGACTCC 1~14 LMS 通用外引物 AAAGTAGGTGITAYATCYTIACAATGTGG 19

材料:

(1)急性期病人血清、鼠肺、鼠血或分离的汉坦病毒

(2)引物:

引物

序列(5’~3’)

位置

片段(bp)

逆转录引物

TAGTAGTAGACTCC

1~14

LMS

通用外引物

AAAGTAGGTGITAYATCYTIACAATGTGG

1910~1939

M(+)

GTACAICCTGTRCCIACCCC

2373~2354

M(-)

型特异性引物

汉滩病毒

GAATCGATACTGTGGGCTGCAAGTGC

1958~1984

M(+)

GGATTAGAACCCCAGCTCGTCTC

2318~2340

M(-)

汉城病毒

GTGGACTCTTCTTCTCATTATT

1936~1957

M(+)

TGGGCAATCTGGGGGGTTGCATG

2331~2353

M(-)

S片段引物

ATGTTGCCTGGGGIAAAGAGG

1200~1220

S(+)

GCGCACTAGTAGTAGTAGACTCCCTAAAGA

1670~1696

S(-)

方法:

(1)病毒RNA的提取:采用TRIzol按说明提取,制备模板RNA;

(2)逆转录、合成cDNA:采用 SuperScripTMII或AMV逆转录酶,按说明书进行;

(3)PCR扩增:反应条件为95℃预变性10分钟,94℃60秒、55℃60 秒、72℃45秒、扩增30~35个循环,72℃延伸12分钟。

(4)扩增产物用1~2%琼脂糖凝胶电泳鉴定。若条带的分子量与预期片段大小相同,则表明为特异性扩增产物。

必要时,可进行:

(5)PCR片段的回收和核苷酸序列测定:切下特异分子量条带,用QIAquick凝胶回收试剂盒回收(按其说明书进行),自动测序仪测序。

意义:扩增到特异性条带可确诊汉坦病毒并明确其型别,序列测定还可以对汉坦病毒的变异情况进行研究。

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