PCR-ASO分型技术标准

2010-03-17 20:22 · Cherry

1 引物设计由美国Perkin-elmer公司合成引物末端标记有生物素 1.1 扩增体系 10×PCR buffer 5μl PCR引物 10μl 4×dNTP 10μl Taq polymerase 0.25μl DNA模板 10μl D、W 14.75μl Total 50μ

1 引物设计由美国Perkin-elmer公司合成引物末端标记有生物素

1.1 扩增体系

10×PCR buffer 5μl

PCR引物 10μl

4×dNTP 10μl

Taq polymerase 0.25μl

DNA模板 10μl

D、W 14.75μl

Total 50μl

1.2 扩增程序(选用PE9600扩增仪)

变性 95℃ 30Sec

退火 63℃ 30Sec 32个循环

延伸 72℃ 30Sec

最后 72℃延伸10min

注意:扩增过程各设置阳性、阴性质控扩增。

2 扩增产物琼脂糖凝胶电泳检测

2.1 配制2%琼脂糖凝胶:4g琼脂糖溶于 200ml×TBE缓冲液,微波炉中煮沸溶化使透明,冷却至60℃时加入10μl EB混匀。

2.2 将现配制好的琼脂糖溶化凝胶液灌入制胶模具,室温放置30分钟,使其冷却固化。

2.3 小心取出加样梳将已制好的凝胶放入水平式潜水电泳槽中,加1×TBE缓冲液使电极液高出胶面约 1cm。

2.4 将标准DNA分子量Marker和DNA参照物,置于干热器孵育5分钟。

2.5 将DNA分子量Marker可见性 DNA参照物及待测扩增样品5μl与上样缓冲液(loading buffer溴酚兰-二甲苯青兰)2μl混合后,按照从左向右顺序依次加入凝胶上样孔中。

2.6 150V电压电泳45分钟。

2.7 将电泳完毕的凝胶放置于紫外分析仪上,观察结果并照像,并与标准品对照,观察扩增效果。

3 LDLR、GYPA、HBGG、D7S8和GC五位点DNA杂交。

3.1 流程示意:扩增DNA与固定在探针第六上的DNA 探针杂交→洗涤除去非特异杂交的扩增DNA→HRP→SA与特异杂交的PCR产物结合→严格洗涤除去非特异结合的HRP-SA。

3.2 主要配制试剂

1)20×SSPE buffer(3.6M NaCl,200mM NaH2PO4·2H2O 20mM EDTA PH7.4)。

2)20% SDS

3)Hybridization Solution(5×SSPE,0.5% SDS)

4)Wash Solution(2.5×SSPE,0.1%SDS)

5)Enzyme Conjugate:HRP-SA

6)Chromogen:TMB Solution

3.3 探针设计:由美国Perkin-Elmer公司合成已制备成探针条。

4 操作步骤

2)步骤(以一个样本为例)

①扩增DNA 95℃变性10分钟。

②每个杂交槽中加入3.0ml H、S加入2μl 变性的扩增DNA,放入标记探针条(此步骤需在20秒内完成),55.5℃恒温水浴摇床孵育15分钟。

③弃去H、S,加5.0mlW、S洗数秒,弃去W、S。

④ 加3.0ml E、C、S液(3.0ml Hybridizition Solution,25μl Enzyme Corjugate:HRP- SA),55.5℃孵化5分钟,弃去E、C、S液。

⑤加5.0ml W、S洗涤数秒,弃去W、S。

⑥加5.0ml W、 S,55.5℃恒温水浴摇床洗涤12分钟,弃去W、S。

⑦加5.0ml W、S,洗涤数秒,弃去W、S。

注意:杂交缓冲液和洗液使用前固体成份必须55.5℃水浴完全溶解并混匀。

4 显色、判读结果并折照

4.1 主要配制试剂

1)Citrate buffer (0.1M Trisodium Citrate PH5.0)

2)Color Development Solution(用前10分钟内配制)

5.0ml Citrate buffer

5.0μl 3% Hydrogen Peroxide

0.25ml Chromogen:TMB Solution

4.2 操作步骤

1)5.0ml Citrate buffer 于杂交槽,置Rocker platform上室温振荡5分钟,弃去Citrate buffer。

2)加5.0ml新配制 Color Development buffer于每一杂交槽内,置杂交槽于Rocker platform上室温振荡20-30分钟(此步应蔽光)。

3)停止显色,弃去Color Development buffer,每槽内加5.0ml去离子水或蒸馏水,置于 Rocker platform上室温振荡5-10分钟。

4)重复步骤3)至少两次,以降低探针条背景颜色。

5)将湿的已有分型结果 DNA探针条置平滑黑色物体表面,观察判读结果并拍照。

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