人类基因组标准寡核苷酸库基因序列的选择和探针的设计

2010-03-07 22:45 · Abraham

一、介绍 人类基因组标准寡核苷酸库针对人类基因组中20,726个确证的基因设计了22,740个70mer的寡核苷酸探针。每一个探针都经过了严格设计和优化,从而确保了基因表达阵列分析能得到非常好的结果。 人类基因组标准寡核苷酸库以60个384孔板的形式提供。每一孔含有600pm

一、介绍

人类基因组标准寡核苷酸库针对人类基因组中20,726个确证的基因设计了22,740个70mer的寡核苷酸探针。每一个探针都经过了严格设计和优化,从而确保了基因表达阵列分析能得到非常好的结果。

人类基因组标准寡核苷酸库以60个384孔板的形式提供。每一孔含有600pmol的探针。每一板中都含有一个阴性对照。

人类基因组标准寡核苷酸探针库中寡核苷酸探针序列从NCBI人类标准序列数据库(HumanReferenceSequence)(November2002)中得到。其中包括了一组能够检测1300多个基因的选择性剪接mRNA异构物的探针组。

目标基因的精心选择和探针的严格设计对于任何一组寡核苷酸探针组都至关重要。本文将简要介绍Illumina标准寡核苷酸探针组目标基因选择和探针设计的方法。

二、基因序列的选择和特点分析

2.1 人类基因

Illumina建立了一套生物信息学方案能够对选定的DNA和RNA序列信息整合成一个综合的基因信息库。这一信息库排除了冗余基因并包含有转录本结构信息,它对于设计高质量的全基因组基因表达探针组尤为必要。

这一数据库的建立有如下一些要求:

 

一、介绍

人类基因组标准寡核苷酸库针对人类基因组中20,726个确证的基因设计了22,740个70mer的寡核苷酸探针。每一个探针都经过了严格设计和优化,从而确保了基因表达阵列分析能得到非常好的结果。

人类基因组标准寡核苷酸库以60个384孔板的形式提供。每一孔含有600pmol的探针。每一板中都含有一个阴性对照。

人类基因组标准寡核苷酸探针库中寡核苷酸探针序列从NCBI人类标准序列数据库(HumanReferenceSequence)(November2002)中得到。其中包括了一组能够检测1300多个基因的选择性剪接mRNA异构物的探针组。

目标基因的精心选择和探针的严格设计对于任何一组寡核苷酸探针组都至关重要。本文将简要介绍Illumina标准寡核苷酸探针组目标基因选择和探针设计的方法。

二、基因序列的选择和特点分析

2.1 人类基因

Illumina建立了一套生物信息学方案能够对选定的DNA和RNA序列信息整合成一个综合的基因信息库。这一信息库排除了冗余基因并包含有转录本结构信息,它对于设计高质量的全基因组基因表达探针组尤为必要。

这一数据库的建立有如下一些要求:

 

一旦与设计区域互补的序列知道则要考虑评估所有可能的70mers在互补区域,并根据以下条件选择最好的一个:

 

例子:

人alpha-1-A-adrenergicreceptor(ADR1A)是一个基因通过选择性剪接得到多个产物的例子。它是一个G蛋白耦连受体家族的一员,通过G蛋白Gq/11家族传递信号。这一基因经选择性剪接产生四个不同的转录本。它们编码四种C端不同但具有相似配体结合区的蛋白。

在人类基因组标准寡核苷酸库中针对这一基因有五个探针(表2)。

附录2:序列选择和探针设计流程

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