为深入贯彻落实全国科技创新大会和山东省第十次党代会精神，结合实施黄河三角洲高效生态经济区、山东半岛蓝色经济区等区域发展战略和重点产业调整振兴的总体部署，立足山东省基础和优势，推动自主创新成果转化，提升自主创新能力，加快创新型省份建设，山东省政府从2012年起设立自主创新专项资金，并实行竞争性分配。
2012-2015年，山东省财政每年安排资金10亿元，重点扶持300项以上具有自主知识产权的重大关键共性技术研发和产业化示范项目，争取引导带动各级财政、金融机构和社会资金投入1000亿元以上，进一步推动产学研用紧密结合，加快建立健全以企业为主体的技术创新体系，促进高新技术产业园区升级，形成若干优势产业集群。
专项资金将重点扶持新材料、生物技术与医药、高端电子信息、先进装备制造、橡胶轮胎、有色金属、环境保护、海洋新兴产业和现代农业等9个产业的32个重点领域。每年在每个产业中选择3-5个重点领域，在每个重点领域中选择3-5个重点项目方向。
在专项资金的分配环节将引入竞争机制，通过招标、专家评审等方式，确定专项资金所扶持的具体项目和承担单位，建立“多中选好，好中选优”的项目选择机制，进一步提高专项资金使用效益，增强依法理财能力、提高科学化精细化管理水平，促进公平竞争，推动自主创新项目顺利实施。
