用牙签从琼脂培养基上挑取的菌落可直接用于质粒DNA.所得的闭合环状DNA往往杂志太多，不能作为大多数限制酶的底物。但是，牙签法也有很多用途，例如，它可用来鉴定转化后重组质粒的克隆，用来估计转座子中质粒的大小，用来比较在相同宿主中不同质粒拷贝数的多少。待测重组子中插入的片段的性质可用Southern杂交及聚合酶链反应（PCR）加以确定。
以下介绍的简易操作方法是有Barns修订的方法，它对于大菌落（直径2-3mm）很有效，而且所获DNA的量足够琼脂糖电泳时一个泳道的上样量。
材料
缓冲液和溶液
用于筛选质粒的抗生素
溴酚蓝溶液（0.4%，m/V）或甲酚红溶液（10mmol/L）
EDTA(0.5mol/L,ph8.0)
溴化乙锭（10mg/ml）
或
SYBR
KCl（4mol/L）
NSS溶液
0.2mol/L NaOH
0.5%SDS
20%蔗糖
该溶液应现配现用，室温放置。未用完的NSS溶液应弃去。
凝胶
琼脂糖凝胶（0.7%，5mm厚），用不含溴化乙锭的Tris-乙酸盐或Tris-乙酸盐缓冲液
配制及电泳
琼脂糖凝胶
培养基
LB、YT或SOB（用于培养E。Coli的高营养肉汤培养基）
LB、YT或合适当抗生素的SOB琼脂平板
专用设备
热循环仪调至70℃的水浴
木质牙签
用牙签从琼脂培养基上挑取的菌落可直接用于质粒DNA.所得的闭合环状DNA往往杂志太多，不能作为大多数限制酶的底物。但是，牙签法也有很多用途，例如，它可用来鉴定转化后重组质粒的克隆，用来估计转座子中质粒的大小，用来比较在相同宿主中不同质粒拷贝数的多少。待测重组子中插入的片段的性质可用Southern杂交及聚合酶链反应（PCR）加以确定。
以下介绍的简易操作方法是有Barns修订的方法，它对于大菌落（直径2-3mm）很有效，而且所获DNA的量足够琼脂糖电泳时一个泳道的上样量。
材料
缓冲液和溶液
用于筛选质粒的抗生素
溴酚蓝溶液（0.4%，m/V）或甲酚红溶液（10mmol/L）
EDTA(0.5mol/L,ph8.0)
溴化乙锭（10mg/ml）
或
SYBR
KCl（4mol/L）
NSS溶液
0.2mol/L NaOH
0.5%SDS
20%蔗糖
该溶液应现配现用，室温放置。未用完的NSS溶液应弃去。
凝胶
琼脂糖凝胶（0.7%，5mm厚），用不含溴化乙锭的Tris-乙酸盐或Tris-乙酸盐缓冲液
配制及电泳
琼脂糖凝胶
培养基
LB、YT或SOB（用于培养E。Coli的高营养肉汤培养基）
LB、YT或合适当抗生素的SOB琼脂平板
专用设备
热循环仪调至70℃的水浴
木质牙签
方法
细胞的制备
1.在含适当抗生素的富养琼脂培养基（LB、YT或SOB）上培养转化了适当质粒的菌落，知道它们的直径长至2-3mm（对于大多数菌株，需要37℃下培养约18-24h）。
2.用无菌牙签或一次性小环将细菌菌落的一小块转移到含适当抗生素的一条或一小块琼脂母板上，将该菌落的剩余部分转移到已编号的微量离心管中，管内含有50ul无菌的10mmol/L EDTA(PH 8.0)
除待试菌落外，还应转移几个“空”菌落（不会外源基因的质粒载体）。这几个样品可在凝胶电泳中用作分子质量标准参照物。
3.重复步骤2.直到收获预期数目的菌落。
4.当所有菌落都被复制和转移之后，将母板在37℃培养几个小时后于4℃保存，直到得到凝胶电泳结果。然后从母板上收获其质粒为预期大小的菌落。
5.在培养目标的时候，对细菌悬液进行以下的处理：在每一微量离心管中顺序加入20ul新配制的NNS溶液。盖上管盖，振荡混匀30s。
6.将所有离心管转移到70℃热水浴中放置5min，然后于室温冷却。
7.将各管中加入1.5ul的4mol/L KCl溶液，振荡婚姻30s。
8.将离心管在冰上放置5min。
9.在4℃下以最大速度离心3min以除去细菌碎片。
质粒的凝胶电泳分析
10.将上清液一次转移到洁净离心管中。如果只用琼脂糖凝胶电泳分析样品，在每管中加入0.4%的溴酚蓝溶液；如果既要用琼脂糖电泳又要用PCR分析，则在样品中加入2ul 10mmol/L甲酚红。在0.7%的琼脂糖凝胶（5mm厚）的加样孔（5mm长，2.5，mm宽）中加50ul上清
琼脂糖凝胶不含溴化乙锭，且所用的缓冲液也不含溴化乙锭，因为这样超螺旋DNA的迁移率比插入染料后更准确地反映其分子质量。这就能更容易地区分不同大小的质粒。
11.当溴酚蓝迁移到胶的2/3或3/4处，或甲酚红迁移到胶的一半时，室温下将胶浸在溴化乙锭（0.5ug/ml的水溶液）中染色30-45min。在紫外灯下观察凝胶并拍照。
对于低拷贝质粒，可在电泳后用更灵敏的方法染色，如SYRB Gold。
12.如果在第10步中使用甲酚红，则宜用第8章方案1中描述的PCR方法分析上清（用各样品的剩余液作为模板）
甲酚红在酸性溶液中是橙色到琥珀色的，ph为7.2时时黄色的，在碱性溶液中是红色的。与溴酚蓝和二甲苯蓝不同，甲酚红不印制DNA聚合酶的热稳定性。因而，含甲酚红的DNA溶液在大多数扩增反应中可用作模板。此染料在2%的琼脂糖凝胶中的迁移位于在二甲苯蓝和溴酚蓝之间，大小大约相当于300bp。在琼脂糖凝胶电泳照片中，甲酚红不会产生像溴化乙锭染色一样的阴影。
13.将母板上可能含有重组子的菌落接种到含适当抗生素的2ml液体培养基（LB、YT或SOB）中，进行小规模培养。
不需要等到母板上的菌落长到很大。细菌即使只是薄薄一层，也足够接种用。
14.在此小规模培养物小量制备待测的重组子质粒。用酶切及琼脂糖电泳分析质粒DNA，以确证其大小和结构与预期一致。
