原理
碱变性法抽提质粒是基于染色体DNA与质粒DNA的变性与复性的差异而达到分离目的。在pH12.6的高碱性条件下，染色体DNA和质粒DNA都发生变性，但质粒超螺旋共价闭合环状结构的两条互补链不会完全分离，所以当以pH4.8的KAc高盐缓冲液调节其pH至中性时，变性的质粒DNA又恢复到原来的构型，保存在溶液中。而染色体DNA不能复性而形成缠连的网状结构。通过离心，染色体DNA与不稳定的大分子RNA、蛋白质-SDS复合物等一起沉淀下来而被除去。
操作步骤
1. 将含有puc19质粒的大肠杆菌100μl接种到含氨卞青霉素(100μg/ml)的LB培养液中，在37℃振摇过夜。
2. 取1.5ml培养物转入Eppendorf管中，8000rpm离心1分钟。(如菌液较稀，可在弃去上清后，再取1.5ml菌液离心)。
3. 弃去离心后的上清液，使细菌沉淀物尽可能干一些。
4. 将沉淀物悬浮于100μl冰冷的GET溶液中。
5. 在室温下放置5分钟。
6. 加200μl新鲜配制的冰冷下述溶液。
0.2mol/L NaOH
1% SDS
盖上管口，迅速颠倒小试管2～3次以混匀内容物。切勿振摇。将小管置冰上5分钟。
7. 加入150μl冰冷的醋酸钾溶液(3mol/L，pH4.8)，盖上管口，置于振荡器上温和地振荡10秒钟。然后在冰上放置15分钟。
8. 在Eppendorf离心机中于4℃ 12000rpm离心10分钟。
9. 将上清液转入另一新的Eppednorf管中。
10. 加等体积酚/氯仿，震荡混合。在Eppendorf离心机中10000转离心2分钟后，将上清液转移到一新的管中。
11. 加入2倍体积的无水乙醇，振荡混合，于-20℃静置10分钟。
12. 室温下12000rpm离心10分钟。
13. 去除上清液，将小管倒立于吸水纸上使所有液体流尽。
14. 加1ml 70%乙醇，短暂振摇，然后再离心10000RPM，5分钟。
15. 再去除所有上清液，室温短暂干燥。
16. 加20μl的TE缓冲液(pH8.0)，短暂振摇，溶解沉淀物。加入1μl RNase(10mg/ml)，37℃水箱中置放15分钟，取出后即可用于分析或置于-20℃保存待用。
仪器与器材
1. 台式离心机2. 震荡混匀器3. Eppendorf管 4. 可调式微量移液量5. 移液器吸头
试剂：
1. pUC质粒转化菌
2. LB液体培养基： 蛋白胨10g、酵母浸出粉5g、NaCl 10g，用重蒸水溶至1000ml，用5mol/L NaOH(约0.2ml)调pH值至7.0，高压灭菌。
3. 氨卞青霉素： 用无菌水配制储存液为100mg/ml，临用时1∶1000稀释。
4. GET溶液，终浓度为：500mol/L葡萄糖、10mol/LEDTA、25mol/LTris-HCl(pH8.0)，高压灭菌，4mg/ml溶菌酶(临用前加入)
5. 1mol/L NaOH 6. 5% SDS 7. 3mol/L KAC(pH4.8)
8. 饱和重蒸酚 9. 氯仿
10. TE缓冲液(pH8.0)
终浓度为：10mmol/L Tris-HCl(pH8.0)、1mmol/L EDTA高压灭菌。
11. RNase 10mg/ml 12. 无水乙醇
