使用芯片技术研究通常需要使用新鲜的样本或快速冷冻的样本，但是世界上大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中，其中绝大多数是福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的样品。如何获得FFPE 样本所蕴藏的生物信息，如何利用分子生物学方法对FFPE 样本进行检测，进而针对FFPE 样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。
一． FFPE样本准备、储存及运输
样本质量是确保下游研究应用(微阵列芯片、新一代测序，Real-Time PCR等)中获得高质量数据的关键。 FFPE 样本质量与样本固定时间，储存条件与储存年限等密切相关。注意事项如下：
| 样本固定 | 手术后，组织样本切成小块后，一个小时内固定。固定时间~24小时，不宜过长。 |
| 样本储存 | 无切面存储，避免氧气、水及其他环境因素如光侵扰（真菌、昆虫等）的影响， 4℃保存。 |
| 样本实验前准备 | 20 µm 4-5片，放入1.5mL离心管中，4°C保存，冷冻运输。 |
二． FFPE样本的质量控制
采用NanoDrop、Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析仪进行样品质检工作。
从左到右依次为NanoDrop, Qubit® 2.0, Agilent 2100生物分析仪
石蜡样本中提取的mRNA/DNA均为降解，除特殊要求外，只根据mRNA/DNA总量来判断是否可以进行后续实验。
下表就针对几种常见的微阵列芯片类型，推荐了相应的起始材料及最低需求量。
| 芯片类型 | 推荐芯片 | 样品类型 | 最低需求量（µg） |
| 表达谱芯片 | Affymetrix | Total RNA | 1 |
| miRNA 芯片 | Agilent | Total RNA including miRNA | 0.5 |
| aCGH芯片 | Agilent | gDNA | 5 |
三． 新鲜冻存样品与FFPE样品的高通量检测对比数据
使用芯片对快速冷冻的样本以及与之相匹配的相应的FFPE 样本对比数据如下。
——应用 Affymetrix 平台进行表达谱研究
*使用芯片： Affymetrix Human U133 Plus 2.0
*FF（新鲜冻存，fresh frozen）样品
——应用 Agilent 平台进行miRNA研究
*使用芯片：Agilent Human miRNA 芯片V16.0
*芯片质控：gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15
*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig：去除背景信号，非质控重复探针中位值变异系数百分比
——应用 Agilent 平台进行CNV研究
四． 新机遇
实验结果表明，在表达谱芯片的研究中，虽然FFPE样本有明显降解，但FFPE组织与新鲜冷冻组织在芯片上的平均检出率和背景都差不多；在miRNA芯片的研究中，两种样品的各项芯片质控指标相当；在CNV芯片的研究中，虽然新鲜冷冻组织的信号表达量较高，但两种样品的背景噪音值非常相近。
运用FFPE组织样品进行高通量检测，可以对存档的标本，进行常规分析，从而进行大规模回顾性研究。
如需进一步了解该技术，详见链接：https://www.ebioservice.com/show_news.asp?id=1754
