近日出版的《分子系统生物学》杂志发表了军事医学科学院放射与辐射医学研究所、蛋白质组学国家重点实验室杨晓明研究员和贺福初院士领导的科研团队联合复旦大学、湖北大学等单位完成的研究论文。论文阐释了目前世界上最大的人类器官蛋白质相互作用网络连锁图框架，标志着我国在人类蛋白质相互作用网络研究领域进入世界先进水平。
蛋白质网络
生命有机体是由蛋白质组成的“分子社会”，和人类社会一样，每个蛋白质需要和许多不同的蛋白质发生相互作用，构成复杂关系网络协调指挥几乎所有的生命活动。因此，全景式研究蛋白质相互作用而得出的蛋白质相互作用连锁图谱是解读蛋白质“天书”的重要“密匙”。据估算，人类蛋白质大约有13万对相互作用，当前所有的已知数据仅鉴定了不到8%。
杨晓明和贺福初率领的科研团队依托蛋白质组学国家重点实验室，建立了全国性的合作研究体系和国际先进的高通量、自动化蛋白质相互作用研究平台。筛选了5026种人类肝脏蛋白质相互作用，共获得2582种肝脏蛋白质之间的3484种高可信度相互作用，其中92%为人类首次发现。该研究还揭示了肝脏特异表达蛋白质、代谢酶、肝脏疾病蛋白质及重要信号通路分子的相互作用特点，提供了63个未注释蛋白质功能线索，135个信号转导通路间潜在的相互交联分子，并预测了21个肝细胞癌相关蛋白质。研究构建了第一个人类器官蛋白质相互作用网络框架，为类似研究提供了可借鉴的研究思路；在国际上首次采用蛋白质相互作用网络阐释人类器官的功能调控特点；为认识肝脏疾病的发生分子机制和预防、诊断标记物和治疗靶点的发现奠定了基础。
据悉，高通量、全局性研究特定生物系统所有蛋白质的相互作用网络是国内外研究的热点和难点，该研究是中国科学家在国际上率先提出的“人类肝脏蛋白质组计划”的重要研究内容之一。
相关英文论文摘要：
Toward an understanding of the protein interaction network of the human liver
Proteome-scale protein interaction maps are available for many organisms, ranging from bacteria, yeast, worms and flies to humans. These maps provide substantial new insights into systems biology, disease research and drug discovery. However, only a small fraction of the total number of human protein–protein interactions has been identified. In this study, we map the interactions of an unbiased selection of 5026 human liver expression proteins by yeast two-hybrid technology and establish a human liver protein interaction network (HLPN) composed of 3484 interactions among 2582 proteins. The data set has a validation rate of over 72% as determined by three independent biochemical or cellular assays. The network includes metabolic enzymes and liver-specific, liver-phenotype and liver-disease proteins that are individually critical for the maintenance of liver functions. The liver enriched proteins had significantly different topological properties and increased our understanding of the functional relationships among proteins in a liver-specific manner. Our data represent the first comprehensive description of a HLPN, which could be a valuable tool for understanding the functioning of the protein interaction network of the human liver.
英文论文链接：https://www.biodiscover.com/news/proteomics/library/1479
