有关中医现代化，“留中医，改中药”是一个提法；“去中医，借中药”也是一种提法。中医现代化的路到底如何走？
中医中药何去何从？
一些最新的研究表明，人体肠道内在正常情况下有大量（几百种）共生菌群。主要分布在下消化道。而人体的免疫系统在肠道的“布局”也很特别：上消化道的免疫细胞主要功能是应付食品中的可能的病原体；而下消化道的免疫细胞主要功能是平衡肠道菌群，不使某个菌株占有绝对优势。
中药研究的一个难点就是不知到它是如何起作用的。而且中药绝大多数都是口服，所以“中药通过调整肠道菌群来影响肌体免疫功能”就是一个很合理的解释。Google“中药，肠道菌群”你会看到很多人注意到了中药和肠道菌群之间的关系。可是问题是如何去衡量中药对肠道菌群的影响，又如何去观察通过菌群改变导致的肌体免疫系统的变化？这些问题都可以通过现代的高通量测序（测肠道菌群和免疫组库）的方法来做了。
把肠道菌群（测序），中药，和免疫组库（测序）三个方面联合起来考虑，一定能有新的发现，对中医研究也格外有价值。
中医的一个关键问题就是它对“病”的定义和西医完全不同。西医靠结构上的检查和改变来给病做定义，所以我们学习西医一开始就是解剖学，组织学，胚胎学等结构上的概念。而中医的阴阳虚实，五行变换等都是功能上的描述。
在西医，研究一个病，都是先从“表型”入手，找到一个具有相同表型的病人群体，然后利用各种先进的实验手段去分析“基因型”的相关性。比如研究糖尿病，血糖和尿糖增高就是一个定义该疾病的“标准”，于是病人群体就比较“homogeneous", 借助这个客观标准来研究病因。可是在中医，因为病人的分类多是靠功能（又常常是主观地）进行的，而且又缺乏衡量检测功能的客观标准，所以就构成了用“玄而又玄的理论来指导看不见摸不着的结果”的问题。对相信中医的人来说，那些理论还勉强能讲通，可是和那些整天跟结构打交道的西方科学家来说就很难沟通了。
让中医的说服力更强，就需要引入现代的技术和方法。如果中医是经得起实践检验的，那更先进的技术只能帮助中医，使更多的人理解它，使用它。外国人希望看到按照西方习惯（对照组）设计的实验，用西方的手段（量化的实验）得到的结果。问题是，我们是否愿意去花时间和精力来完成这个“中医现代化”的过程？谁来出钱？谁来挑头？
