许多先前在荧光定量PCR技术平台上开发产品的人都有一个根深蒂固的概念：实时PCR可以定量，而普通传统PCR是不能定量的。这个概念的产生是有道理的，请看下面大家都很熟悉的图：
不同模板浓度会得到不同的曲线，可是等反应到最后，大家都会达到一个共同的Plateau (平台）。因为传统PCR都是end point analysis (等反应结束了再去分析）所以根本不能区分出标本里面模板的原始浓度。
可是这个图所适用的范畴是一个反应体系，一个靶点。当做多重PCR的时候，情况就不同了：
做多重PCR的时候，整个反应体系的扩增可以用图中的红线表示。而红线所代表的是每个特定模板（不同颜色曲线）扩增产物的总合。所以，即使是到了反应的终端（Z，end point)红线所代表的任然是不同产物的总合。
arm-PCR的一个特点就是整个反应体系在指数增长期所用的是共用引物，所以所有模板的扩增效率都是一样的。所以即使是终端分析，仍可以得到半定量的结果（不同模板之间的相互比值）。
所以，荧光实时PCR所追求的是反应体系内模板的绝对定量（拷贝数）；而arm-PCR所得到的却是反应体系内各个模板的相对定量，或者说是半定量。
不论如何，不能因为大家都说“传统PCR不能定量”就把非荧光实时PCR (如arm-PCR）的定量能力全盘否决了。不要人云亦云，要自己多想想，做出自己独立的判断。
