昨天，老板突然把我抓了过去，拿了一套EMSA给我看，合作实验室用纯出来的蛋白做出来的结果。一个没有切掉MBP标签的蛋白，没有预期的活性，却突然说这个蛋白可以和单链DNA有很好的结合。我们老板的态度，自然是嗤之以鼻，首先怀疑了蛋白的纯度，然后是没有MBP的control。接着就是问我，可以用什么手段证明这件事的真实性。
老板的态度，显然是不相信这个实验的，既然如此，本来对这种无关痛痒的结果就无所谓的我，胡邹也就更加心安理得。我不知道有没有人试过MBP和DNA的结合能力，想想就应该没有，不然用Heparin和maltose去结合，岂不是能拿到很纯的MBP。而蛋白纯度，这个construct我也有，MBP能纯出什么样的蛋白我心里有数，虽然可以至少90%纯，但由于目标蛋白有5%的氨基酸都是Cys，目前至少我切不掉MBP这个标签的，或者说切得效率很低，而且，在Non-reducing 的SDS-PAGE里，所有的蛋白都在stacking gel的well里面，这东西叫什么来着？可溶性多聚体？ 而且目标蛋白里有锌指，这样一团东西，能和DNA结合我一点也不意外，但是真的有意义么？
有人跟我说过，几乎所有的蛋白都能和DNA作用，只是强弱的差别。这句话确实很辩证，我无从反驳，甚至有点觉得像是在说白狗黑。
最后，告诉老板让他们砸上蛋白的抗体看看，拿Heparin去亲和或者竞争看看，CD、偏振、内荧光，能用上的都给他用上。事实上，我更倾向于，后面的光学方法，这就是我要说到底蛋白和DNA地结合怎么才算特异。
我觉得，特异这件事就不能像是磁铁一样，异性相吸，这种东西意义大么？如果某个酶和底物仅仅靠静电作用拉近，那在体内将有多少竞争者呢？ 因此不管是EMSA还是Heparin的亲和竞争，在中简单的反应体系里，并不能证明什么。而光学方法就不一样了，内荧光或者CD都说明蛋白质本身或者DNA的某个部分发生了构象变化或者疏水变化，也就是手牵手，而不是仅仅手碰手。一男一女并肩走，我们大概也只能说两人熟识，而手牵手就是不是才说明特异的荷尔蒙作用呢？
老板听完我说的所有，他更加迷惑了，这东西中文我都说的模模糊糊，英文就更加绕来绕去，不过这确实是第一次这么长篇大论的老板神侃，姑且记录一下。
