从食品安全的角度来说，我认为转基因食品是不存在安全性问题的。物种间的基因横向转移太罕见了，历史上更没有发生过人通过食物获得植物、动物性状的（想起了几个世纪前西方在反对牛奶时的笑话，认为喝牛奶会引发长牛角的风险）。
从经济学的角度来说，大规模推广其中一些转基因的作物有一些风险，特别是抗虫棉的前车之鉴。因为现在并未有一个标准的方法来设计制备这些转基因的物种，不可避免的有些设计方案很有可能在几代后性状退化，就怕大规模推广后减产造成农民损失的风险。
关于抗虫棉的案例介绍：
在某些地区推广的抗虫棉在经过几年后，抗棉铃虫方面仍保持性状，但以前非主要的虫害变为主要虫害，从而造成了减产。——但一定程度上说这也并非转基因的问题，抗虫棉本身并未退化，只是自然选择后，自然界产生了新的对付它（抗虫棉）的东西。并且这个故事也可以解开哪些担心基因流失到其他杂草的物种造成超级物种的顾虑，自然界是不会让一个物种一家独大，总会通过自然选择找到对付它的东西。
