生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。序列比对是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前序列比对已经有很多方法，但序列比对依然容易产生系统性偏差，导致进化分析错误，甚至造成基因、蛋白和基因组结构和功能信息的误读。一直以来，DNA和蛋白序列比对是分开进行的。学者们认为与蛋白质序列相比，相应的DNA序列中系统发育信号消失的速度更快。因此一般在氨基酸序列水平进行比对和进化分析。
最近，我们提出了一种新的序列比对和进化分析算法—DNA+Pro：将DNA和蛋白质序列组合成为“DNA -蛋白质组合序列”（CDPS），并将其用于序列比对和进化分析。理论分析和实例证明，与通常的仅用核酸或蛋白序列的方法相比，DNA+Pro算法不仅提高了序列的申农信息量理论值，而且序列间距离的估计值也具有更合理的生物学意义。通过整合和挖掘分别埋藏在DNA和蛋白质序列中的信息，提高了多序列比对的准确度，避免了在系统发育分析中普遍发生的错误，具有重要的科学意义和广泛的应用价值。该软件可免费下载使用。https://www.dnapluspro.com/
