Lineages through time plot
从进化树推断物种分化的历史：
--分类单元数与时间的关系
NM Hallinan原著,
Nick Matzke增补
张金龙 编译绘图
jinlongzhang01@gmail.com
今天我们分析生物类群在时间上的多样性是如何变化的。我们将用到分类单元数-时间图（Lineages-through-time plot）,该图可以用来描述物种多样化的总体趋势。我们将真实的格局与零分布进行比较，从而推断其与期望的差别。同时，我们还将学习一下几种用来推断物种丰富度随时间变化的似然方法。当然，第一步是用R模拟生成进化树。
在R中进行进化树的模拟
在tree平衡的试验中，你已经做了一些这方面的分析。在R中进行进化树模拟有几种方法。我们下面就将看到几种。ape程序包提供了进化树模拟的两个函数，rtree和rcoal. 两个函数随机生成枝长相等的进化树，但是都不能满足我们的需求。
geiger程序包中的birthdeath.tree 用处更大些。 这一函数从两个分类单元开始，基于随机生灭过程（birth death BD）进行进化树的模拟。用户给出生成率，同时给出灭亡率， 以及该过程经历的时间或者分类单元数，就可完成进化树的模拟。如果让这一函数经历相同的时间，则它会给出不同的分类单元数，如果让它给出相同的分类单元数，则经历的时间会不同。下面首先要载入 geiger程序包。
