一、 样本信息及处理方法
人血液DNA样本，共60个。样本用DNA Clean & ConcentratorTM-5 (ZYMO RESEARCH, Catalog No. D4013) 试剂盒进行纯化， U.V.测量和电泳检测合格的样本，进行Illumina Infinium 610-Quad 芯片分析。
二、 DNA的定量信息
用 NanoDrop紫外分光光度计进行进行U.V.测量， A260/A280应接近2.0为较纯的样本(A260/A280 在1.8-2.1)。用0.7%的琼脂糖凝胶进行电泳检测，筛选合格的样本。部分样本信息如下:
三、 实验基本流程
1.DNA定量
测定DNA浓度，并统一标化成50ng/μL。进行Infinium HD® 610-Quad Assay分析需要的DNA样本量为200ng。
2.DNA扩增
在样本中加入0.1N NaOH使DNA变性为单链，经中和后加入全基因组扩增试剂，在37℃恒温条件下过夜孵育，扩增后的DNA总量可达初始上样量的2000-3000倍。
3.DNA片段化
扩增后的产物，经过可控的且不需要凝胶电泳的酶解处理，成为片段化的DNA。该过程利用终点式（end-point）片段化方法，以防止样本的过度片段化。
4.DNA沉淀
通过加入异丙醇沉淀DNA片段，片段化的DNA在4℃下离心富集，从而得以纯化。
5.DNA重悬
沉淀后的DNA在空气中干燥后，加入杂交缓冲试剂使DNA沉淀重新溶解。
6.DNA与芯片的杂交
将重悬后的DNA样本与准备好的芯片杂交，置于杂交炉内反应过夜。在杂交过程中，片段化后的DNA经过变性，与位点特异的50个碱基退火，而这50个特异碱基连接在芯片的610，000种微珠（bead）中的一个上，一个微珠类型对应检测一个SNP或CNV位点。
7.芯片的延伸、染色
洗去未杂交的和非特异杂交的DNA，以便后续的染色和延伸。以捕获到的DNA为模板，在芯片上进行单碱基的延伸反应，在芯片上加上可检测的标签基团，从而区分样本的SNP类型。
包被芯片：将反应完成的芯片放入XC4试剂中，使其表面包裹上一层粘性透明液体，再将其放入真空环境下干燥1小时，从而将芯片包被，保护其信号稳定较长的时间。
8.芯片的扫描
将处理好的芯片放入扫描仪中，利用激光激发芯片上单碱基延伸产物的荧光基团，扫描仪获取由荧光基团发出的荧光，并生成高分辨率的图片。由此所得的数据直接导入BeadStudio软件进行分析，从而就得到每个样本的SNP分型数据。
具体流程图见附录。
四、实验质控
Illumina Infinium II 芯片分型中，引入了一系列控制探针监测整个杂交实验过程。分为非样本依赖型Control和样本依赖型Control。非样本依赖型Control包括染色控制探针（Staining controls）、延伸控制探针（Extension controls）、目标移除控制探针（Target removal controls）和杂交控制探针（Hybridization controls）。样本依赖型Control包括严谨性控制探针(Stringency controls)、非特异性结合控制探针（Non-specific binding controls）和非多态性控制探针（Non- polymorphic (NP) conrols）。
本实验的质控探针信号值见《ControlDashboard.csv》，质控探针信号图像见Control Summary文件夹。该实验的Control 显示，所有样本的实验过程都是可信的。
五、数据分析说明
所有分型的60个样本与国际HapMap Project 的206个对照样本一起进行聚类分析。这206个对照样本包括：57个非洲人（YRI）、44个日本人（JPT）、45个中国汉族人（CHB）和60个CEPH（Utah residents with ancestry from northen and western Europe, CEU）。聚类后，利用BeadStudio软件中Calculate工具，计算p10 GC，p50 GC和Call Rate值，最后生成Final Report、Loci Summary 和DNA Report。60个样本的平均call rate为0.9958。
Final Report 中有以下五列：SNP Name、Sample Name、Allele1、Allele2和GC Score。
Loci Summary 中有以下十列：Locus_Name、No_Calls、Calls、all_Freq、A/A_Freq、A/B_Freq、B/B_Freq、Minor_Freq、50%_GC_Score、10%_GC_Score。
DNA Summary中主要有以下几列：DNA_Name、#No_Calls、#Calls、Call_Freq、50%_GC_Score、10%_GC_Score。
