近十几年的发展，基因组科学的发展非常迅速，目前比较重要农作物：水稻（包括粳稻和籼稻）、大豆（威廉姆斯和野生大豆）、玉米（B73)、高粱等基因组都已经完成，而大量的具有经济价值的动物：猪、牛、马、羊、家鸡、火鸡等基因组也都完成或正在进行。基因组学的发展就如分子生物学技术的在作物育种中形成了分子标记辅助育种一样将促使形成基因组辅助育种。全基因组序列的获得，作物育种目标与过程的思路也将大大拓宽：首先进行虚拟基因组设计方案，然后通过实际的育种手段，获得聚集大量有利基因、基因组配合里、基因互作网络协调、基因组结构最为优化的优良品种。当然目前基因组辅助育种基本属于设想阶段，也是起步阶段。由于基因组包括的信息量非常巨大，需要的运算量也将非常高，基因组辅助育种同样将会是计算机辅助育种。
