群体遗传学——人群结构推断软件Structure 2.2使用指南
https://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html
The basic algorithm was described by Pritchard, Stephens & Donnelly (2000). Extensions to the method were published by Falush, Stephens and Pritchard (2003) and (2007) and by Hubisz, Falush, Stephens and Pritchard (2009).
1、待分析数据文件的编辑
可新建文本文件并命名为project_data，以文本编辑的方式编辑数列：
第一列：样品代码，每一样品占两行，每一行为其一个基因型，如样品1的基因型为AA，样品2的基因型为AT，样品3的基因型为TT，则编辑为：
1 1
1 1
2 1
2 2
3 2
3 2
如果有多个等位基因，可以按1，2，3，4，5等顺序编码各样品的基因型；
第二列：人群代码，即第一群人的代码全为1，第二群人的代码全为2，第三群人的代码全为3；
第三列：位点1的分型结果。如上所述，如果有2个等位基因，可用1、2代表；如果有多个等位基因，可分别以1，2，3，4，5等代表；
第四列：位点2的分型结果。编码方法同上。
2、打开Structure软件，选择File-->OPEN DATA FILE-->选中所编辑好的打他data文件，查看格式、数据，如有修改应保存退出；
3、选择File-->NEW PROJECT-->STEP 1-->命名Project Name-->选择存放路径-->选择保存过的待分析文件；
4、STEP 2-->填入待分析样品数量，如220-->Ploidy of data即选择单倍体或二倍体，选2-->Number of loci，选位点个数-->MiMissing data value，一般选-9；
5、STEP 3-->依次选择row of marker names, row of recessive alleles, map distance between loci, phase information等，没有就不选；最下面，如果没有data file stores data for individuals in a single line就不选；
6、STEP 4-->Individual ID for each individual(选择) ，putative population origin for each individual（选择），USEPOPINFO selection flag(不选)，Phenotype information（不选），other extra column（不选）以及number of extra column（不选）；
7、点击“Finish”；Proceed；
8、点击Parameter set-->new-->length of burnin peroid (填写10000)-->Number of MCMC Reps after burnin (填写10000);
9、Ancestry Models，Allele frequency model，Advanced等均选Default setting; enter the name: 输入名字，运行完毕将产生一个由该名字命名的文件夹以保存运算结果和绘图。
10、点击“Start a job”，单击选中命名的文件夹名称，设置K从2到7等，其它不选，点击Start。
11、点击“Plotting”，选择刚才命名job的名字，result file选择run_1, run_2等，即可看到聚类的三角图形。
12、注意：运行完毕后产生的以“job名字”命名的文件夹中自动含有project_data文件，其内容与最初编辑的project_data文件完全一致，故原编辑的project_data文件可以删去。
柱形图绘制软件Distruct使用指南
当Structure软件运行完毕获得结果后，往往需要以CLUMPP或distruct软件绘制柱形图。distruct用法如下：
1、从https://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html下载并解压缩Distruct 1.1压缩包，可以看到含7个以casia为名的文件及5个名字字首为distruct的文件，还有一个drawparams的文件和一个颜色文件夹；
2、运行casia.postscript文件，应该能产生一个含9个群体柱形图的casia.pdf文件，这表明系统及软件正常；
3、打开casia.popq和casia.indivq将其原内容清空并置换为前述Structure软件运行后所产生的_run_1_f文件的内容 （拷贝并粘贴），其中_run_1_f文件同时含有individual和population两者的数据。以Word打开casia.indivq文 件，将_run_1_f文件后半部分的内容自“Inferred ancestry of individuals”行以下的数据拷贝并粘贴到casia.indivq文件中，全部替换原来的210行数据；以Excel打开casia.popq 文件，将_run_1_f文件前半部分含有“Proportion of membership of each pre-defined population in each of the 3 clusters”的行下面的数据拷贝并粘贴到casia.popq中，并替换原来的内容（K=3是可变的！）。新产生的内容注意仍然保持原来210行数 据的那种格式。
4、打开casia.languages文件，将原内容
“50 Indo-European
51 Dravidian
57 Indo-European
59 Indo-European
58 Indo-European
52 Linguistic isolate
54 Indo-European
629 Altaic
699 Altaic
56 Indo-European”
替换为现内容
“1 CEU
CHB
3 YRI”；
保存为原格式；
5、打开casia.names文件，将原内容
"50 Balochi
51 Brahui
57 Makrani
59 Sindhi
58 Pathan
52 Burusho
54 Hazara
629 Uygur
699 Yakut
56 Kalash"
替换为现内容
"1 CEU
2 CHB
3 YRI"
保存为原格式；
6、打开casia.perm文件，将原内容
"5 yellOw
4 Pink
1 Red
2 green
3 blue_Purple"
中的4、5颜色删去，并保存为原格式；
7、以文本格式打开drawparams文件，将drawparams文件中的
#define K 5 // (int) number of clusters
#define NUMPOPS 9 // (int) number of pre-defined populations
#define NUMINDS 210 // (int) number of individuals
中的5，9，210改为3，3，220，并保存；
8、将原distruct1.1文件夹中的casia_f文件删去，将_run_1_f文件整个拷贝并粘贴到解压缩后获得的distruct1.1文件夹中，重命名为casia_f；
9、运行distruct1.1文件夹中的distructWindows1.1应用程序，将修改导入Windows系统；
10、点击casia.postscript文件即可产生casia.pdf文件，这便是所需的结果。
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