Haploview软件使用，单倍型分析
Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能：
1.连锁不平衡与单倍型分析
2.单倍型人群频率估算
3.SNP与单倍型关系分析
4.相互关系的排列测验
5.可以从HapMap上直接下载基因型信息
网址：https://www.broadinstitute.org/haploview
下载：Windows版： HapInstall.exe
Mac / Unix / Linux Haploview.jar （安装：java -jar Haploview.jar）
JAVA下载
在安装该软件之前，必须先安装一个“JAVA”，Haploview必须在JAVA环境下才能运行。
首先要选择要分析数据的类型，包括Linkage format 、 Haps format 、 Hapmap format、Phase format等。我们主要选Hapmap format这种类型。这种类型的数据可以直接从Hapmap网站(www.hapmap.org)中直接下载。
1，进入Hapmap网站。依次：Data/Generic Genome Browser(数据/通用基因组浏览器)。输入要查询的基因名称，如xrcc1，在右面选择“显示 SNP genotype data”, 点击配置。
根据需要选择CHB(中国汉族人群)。Output format（打开格式）选择Open directly in HaploView（输出后的文件可直接导入Haploview软件）。
点击“执行”，将文件保存到指定位置比如桌面。 打开haploview软件，选择 Hapmap format，点击browse，选择刚刚下载下来的文件。
左边的LD Plot表示该基因所以snp的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白——红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。
在方块上点击右键，可以看到连锁的具体信息。点击“tagger”，可以进一步选择标签snp。r2指的是两个位点间的统计学关联。一般认为两点间的r2大于或等于0.8，就可以用一个点代表另外一个点。
点击“Run Tagger”,即可出现符合条件的tagger snp（标签snp）。
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Hapmap网站简介：国际人类基因组单体型图计划（简称HapMap计划）是由加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国共同资助和合作进行的项目，旨在建立一个将帮助研究者发现人类疾病及其对药物反应的相关基因的公众资源。
