Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction 目标(Goals) CASP的主要目标是:对当前在蛋白质结构预测领域的“能为”和“不能为”作一深入且客观的评价。为实现这一目标,参与者们对一组即将公开的结构进行尽可能多的预测。这是真正的“pre-dictions”,而非对已知结构的“post-dictions”。 范围(Scope) 在CASP中,根据定义模型的难度分为两类讨论:基于模型的建模(Template based modeling)包含“域(domains),这些“域”能确定一个合适的模板,全部或近似覆盖全部预测目标。非基于模型的建模(Template free modeling)包含那些没有合适的模板可以确定的蛋白质模型。 一个较新的类别(始于CASP7),三级结构预测的一个子集:骨干(backbone)相当精确侧链、环、活性位点的细节可以得到有效评估超过简单从一个模板复制得到的质量的任何精炼模型的成功之处将被分析同CASP7,将选出预测目标的一部分子集(在预测季中得到最好模型的预测目标)进行细化。这些最好的模型,将重新发布并作为细化的起始结构。一个单独的评价专家将裁判这些高精度建模实例 时间表(Timetable) 3月最后一个星期 实验注册 4月中询 提交预测对象意见书 5月5日起 第一批预测对象将发布 7月18日前 最后一批预测对象将发布 8月1日前 预测季将结束会前几乎一个月 最精确、最有趣的预测组们将接到做报告的邀请 12月3日~12月7日 CASP会议召开 预测对象(Targets) CASP将邀请蛋白质protein crystallographers 和核磁共振spectroscopists提供结构的细节结构的真实结果将在2008年9月1日前公布预测对象可在网站得到,每个预测对象都有一个失效时间,预测必须在失效日前前完成。 大约50个对象用于“人工和服务器”竞赛评价;尽可能多的对象用于“仅对服务器”竞赛(包含“人工和服务器”的对象); “人工”方式专家可以对所有发布对象(包括“仅对服务器”对象)进行预测,但评价重点放在那些被选择的对象上;根据对象可用量,CASP将优先考虑列入人工专家建模实验中、包含低同源性域的预测对象。 预测提交(Submission of Predictions) 预测结果必须通过网站或邮件按CASP要求的格式提交;对于3D坐标的预测结果,类似PDB文件要求:对残基赋予连续的编号:1到N;有一个较小的头。 预测评价(Assessment of Predictions) 单独的评价组将对预测结果进行评价评价组将按提供的数据评价工具的评价结果进行评估他们将特别关注不同方法的效果尽管评价者们会引入新的方法,数值评价标准将尽量保持和以往的CASP的相似 结果和公布(Results and Publication) 在会议前,所有的预测结果和评价将都可在网站获得;会议的进展将被发表;所有参与者都被鼓励在FORCASP站点完整的报告结果和方法;在会上,对站点的贡献将被讨论并由其他预测者评分,这些材料将被选择出部分在会上演示。 会议(Meeting) 实验结果的讨论会将于2008年的12月3-7日在意大利的Sardinia(Setar旅店,Cagliari附近)举 行;会议限制参与者(300人左右),优先权将赋予活跃的预测者;最成功的一些预测者和学生将得到一定的财政资助。