来自瑞士苏黎世大学分子生命科学研究所、苏黎世理工学院分子系统生物学研究所、苏黎世系统生理学和代谢疾病合作中心、瑞士弗雷德里希米歇尔生物医药研究所、英国剑桥大学生物化学系、英国剑桥大学威康信托/英国格登癌症研究所及苏黎世大学理学院等多家研究单位发明的一种大尺度鉴定miRNA靶点新方法。Nature Methods网络版9月12日在线出版了该新方法。
在过去几年中，随着实验和计算方法的发展和完善，miRNA靶点的鉴定和预测研究取得很大进展。然而，全面正确地鉴定miRNA的生物学相关靶点依然是个难点。恩加特纳研究组发明了一种叫做“选择性反应监测”（selected reaction monitoring，SRM）的方法，该方法利用有针对性的质谱技术实现了对miRNA-靶点互作的大尺度蛋白组学分析，进而对预测的靶点进行验证。
恩加特纳等人利用线虫let-7突变体及其野生型为实验材料。为了测定由于let-7突变体数量减少导致的蛋白含量的下降，恩加特纳等人对感兴趣的let-7突变体和野生型的蛋白提取物进行化学标记，之后对其进行SRM质谱分析，获得了可靠的目标蛋白的定量数据。该实验使用了一套let-7可能的靶点基因及一套对照基因。结果发现，161个蛋白中的29个蛋白的表达含量在突变体中发生变化，这可能是由于let-7基因和不同的靶点互作结果――该结果得到了独立下游实验包括遗传互作、多聚核糖体分析和荧光素酶检测的验证。
SRM技术可以作为一个验证工具来进一步探讨对于靶点的理解；此外，SRM也可能用来精细描述目标蛋白质组亚群，促进miRNA生物功能模型的研究。（生物谷Bioon.com）
生物谷推荐英文摘要：
Nature Methods doi:10.1038/nmeth.1504
A quantitative targeted proteomics approach to validate predicted microRNA targets in C. elegans
Marko Jovanovic1,2,3,11, Lukas Reiter1,2,3,10,11, Paola Picotti4, Vinzenz Lange4,5,10, Erica Bogan1,2, Benjamin A Hurschler6, Cherie Blenkiron7,8,10, Nicolas J Lehrbach7,8, Xavier C Ding6, Manuel Weiss1,2,3, Sabine P Schrimpf1,3, Eric A Miska7,8, Helge Gro?hans6, Ruedi Aebersold4,5,9 " Michael O Hengartner1,3
Efficient experimental strategies are needed to validate computationally predicted microRNA (miRNA) target genes. Here we present a large-scale targeted proteomics approach to validate predicted miRNA targets in Caenorhabditis elegans. Using selected reaction monitoring (SRM), we quantified 161 proteins of interest in extracts from wild-type and let-7 mutant worms. We demonstrate by independent experimental downstream analyses such as genetic interaction, as well as polysomal profiling and luciferase assays, that validation by targeted proteomics substantially enriched for biologically relevant let-7 interactors. For example, we found that the zinc finger protein ZTF-7 was a bona fide let-7 miRNA target. We also validated predicted miR-58 targets, demonstrating that this approach is adaptable to other miRNAs. We propose that targeted mass spectrometry can be applied generally to validate candidate lists generated by computational methods or in large-scale experiments, and that the described strategy should be readily adaptable to other organisms.
