有些老师在研究miRNA的时候,比如has-miR-21,但在查找序列时,发现有has-miR-21-3p和has-miR-21-5p,可是文献中一般只会说has-miR-21,这样的话到底是做3p还是5p呢?
这里,小编就和大家说说miRNA的3p和5p之间的区别。
- 01 什么是miRNA?-
miRNA (microRNA)是一组由基因组编码的长度约20~23个核苷酸的非编码RNA,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。在miRNA公共数据库miRBase (https://www.mirbase.org/)中已经有1W多条来自不同物种的miRNA序列。
- 02 它是怎么来的?-
是由约70个碱基大小形成发夹结构的单链RNA前体 (pre-miRNA),经过Dicer酶酶切加工后,成为长约20~24nt的成熟miRNA,如下图所示
有的miRNA前体两个臂分别产生一条有功能的成熟miRNA,他们分别靶向不同的位点。这时候就要来进行区分了,一般以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-21-5p和hsa-miR-21-3p,分别表明从hsa-mir-21前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。表达水平较高的miRNA后面不加任何符号,而表达水平较低的miRNA后面加上*号,如hsa-miR-21*,有时带“*”的miRNA就根本不出现。
而发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名,其编号以“MI”编号,如人的miRNA 21的前体ID为hsa-mir-21,Accession为MI0000077。如下图所示。
前体
成熟体
所以针对老师的问题,可以从两个途径来确定:
1.之前的文献中如果有他所用的hsa-miR-21序列或者Accession number,直接拿序列与现在的hsa-miR-21-5p以及hsa-miR-21-3p比较即可,这样最准确;
2.如果之前的文献没有给出具体序列,只是写hsa-miR-21,那上mirbase数据库查hsa-miR-21,虽然他会列出hsa-miR-21-5p以及hsa-miR-21-3p两个不同的miRNA成熟体,但在下面有写Previous IDs,这样就能知道之前的hsa-miR-21是现在的5p还是3p(如上图所示),显然这里是指的hsa-miR-21-5p。
-End-
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