7月21日Cell上在线报道了美国系统生物学研究所和苏黎世联邦理工大学等一批院校合作开发人类SRMAtlas定量蛋白组的研究计划。人类SRMAtlas研究计划是为了对预测的人类蛋白组中任何蛋白实现靶向鉴定和可再生定量,而进行的高度特异性的质谱检测。其中包括剪接变异体检测,非同义突变和翻译后修饰。所使用的技术称为选择性反应监测,是用了166174个特征明确,化学合成的肽段而发展起来的分析技术。
SRMAtlas定量蛋白组的意义
SRMAtlas的资源能够在https://www.srmatlas.org上免费获得。它将让集中的、假说驱动的或者是大型的蛋白组研究受益。研究人员希望这样的资源能够显著促进蛋白质为基础的实验科学,来了解疾病的转换和健康的轨迹。因为任何人的蛋白在原则上,可以在任何样品中进行识别和量化。在任何组织和细胞类型中,可靠的和可重复地检测人类蛋白组的任何蛋白,对于理解生理和疾病中的系统属性和特殊途径有着革命性的意义。
虽然人类基因组在2003年的已经完成了,并创建了所有人类基因的清单。但大多数蛋白质的研究仍然集中在同一个相对较小的,在人类基因组图谱绘制之前就研究的子集中。为了促进这个停滞的蛋白基因组的研究,为基本上每一个人类蛋白开发高度特异性的分析是必要的。
SRMAtlas定量蛋白组可以实现的功用
在美国的系统生物学研究所Robert Moritz教授的实验室,他们通过合作的努力,产生和验证了一个特殊的有针对性的蛋白组学分析方法,称为选择性反应监测或者简称SRM。通过选择性检测特定母离子和子离子来排除非目标组分的干扰,增强了检测灵敏度和定量准确度。现在可以通过广泛使用的、敏锐的和很强针对性的质谱方法的选择性反应监测,为20277个已经注释的人类蛋白质的97% 提供定量作用。人类SRMAtlas提供明确的分析归类,最后在生物样本中确凿地鉴定相应的蛋白。
作为人类SRMAtlas这样一个资源,检测任何蛋白的前景现在成为了现实。现在人类SRMAtlas提供了基于选择性反应监测技术的已验证质谱,为人类蛋白组学的每个基础蛋白提供了一个统一的过程。这些分析可以快速地在系统生物学和生物医药研究中实施,以高灵敏度和高选择性来确定和量化任何人类蛋白质,并将其定位到完整的蛋白图谱来研究它们的生物学功能。
个性化医疗将运用分子标记来监测健康状况,并提供信号来鉴定健康状况下的变化,并且为将对的病人匹配到对的药物提供信息。人类SRMAtlas主动推动了蛋白组学进入前沿,为蛋白组在全球范围越来越努力的癌症登月计划中起重要作用提供了进一步的推动力。
备注:本文编译自phys和ScienceDaily 网站的 Quantitating the complete human proteome