LncRNA自从发现至今,相关研究如火如荼。欧易生物也给很多科研工作者提供lncRNA测序和芯片检测的服务工作。但检测后,很多老师反馈,lncRNA序列等相关信息查询非常困难,小编就此整理一套lncRNA常用、好用的数据库,供各位看官参考。
1. LNCipedia
该数据库针对人进行lncRNA数据的收集、整理,共收入111,685条人类有注释的lncRNA转录本,同时还包含ncRNA转录本在基因组位置、长度、结构、miRNA结合、lncRNA在其他数据库中相关记录等信息。使用者可以在该数据库中录入、搜索和下载lncRNA相关信息,最近更新时间为2015年10月。
链接:https://www.lncipedia.org/db
研究者可以根据以上筛选条件进行lncRNA限定条件搜索,查询关注lncRNA信息。
PS:该数据中lncRNA名称有些特别,例如lnc-ABCB4-1:8,表示距离基因ABCB4最近的第1个lncRNA的第8个转录本。
2. Lncrnadb
该数据库提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站,只收入真核生物的lncRNA信息,主要包含lncRNA的序列特性、表达信息、功能、物种保守性、与其相互作用RNA分子等信息。使用者可以在该数据库中搜索和下载lncRNA相关信息,最近更新时间为2015年11月。
链接:https://www.lncrnadb.org/
该数据库允许利用lncRNA的name和sequence进行查询,并可对物种进行限制。同时此数据库使用的是NCBI的gene命名法,使用上完全没有障碍的。
3. LncRNome
该数据库是针对人类构建的,收入了超过18,000条转录本,主要提供lncRNA的分类、染色体位置、二级结构、与其他数据库相关联信息、生物功能描述、与疾病关联的数据,同时提供lncRNA与protein互作功能预测、SNP位点等信息。
链接:https://genome.igib.res.in/lncRNome/
该数据库可根据lncRNA的name进行查询,也可根据染色体编号或lncRNA类型进行查阅。lncRNA名字接受RP11-XXXX类型,也有HAS-LNCXXXX类型的,某些研究较多的lncRNA,也可以用常用的name搜索,例如HOTAIR。
4. LncRNADisease
该数据库由北京大学构建,主要收入了已研究与疾病相关的1564个lncRNA数据,同时也可对新的lncRNA进行与疾病关联预测,支持上传、浏览、搜索和数据下载。最近更新时间为2015年6月。
链接:https://210.73.221.6/lncrnadisease
无论是浏览还是搜索,都可以分别从lncRNA和disease两方面入手。
5. NONCODE
该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库,目前收入了16个物种(人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩)的ncRNA相关信息,包括表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等,并可进行序列Blast搜索,同时支持数据下载。
链接:https://www.noncode.org
该数据库支持常用lncRNA的name、NONCODE ID(例如:NONHSAG000001)搜索,部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索。
PS:该数据库虽然功能比较强大,但是偶尔会出现bug,暂时不可用现象。
除上述比较常用的数据库外,还有NRED、PLncDB等lncRNA数据库,功能与上述几个相差不大,小编认为精通几个功能强大的足矣!大家不妨试试看吧。
关于lncRNA查询、搜索相关数据库介绍就到此为止啦,后期会对lncRNA的调控机制(例如转录调控、ceRNA机制)数据库进行搜罗、整理,敬请期待吧~
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