生态有偿服务是一种与市场化手段充分结合所产生的生态补偿制度，它基于国际上认为的环境服务支付的理念对制度加以设计。经过初步估算，神农架林区水源地每年生态补偿的基础金额为2992.96万元，另外“十二五”期间每年需要的环保投入的生态补偿金额为5359.19万元，截止2017年关闭小水电所需的生态补偿费用为5016万元。
2014年10月，汉斯出版社《可持续发展》刊登了湖北大学资源环境学院苗纪法、黄宇民等人的文章。他们对神农架林区水源地的生态补偿进行了初步地研究。文中分析，由于我国在水源地生态补偿领域的研究起步较晚，生态补偿在实施过程存在着一定困难：水源地生态补偿的标准难以确定；没有确保生态补偿实施的法律保障；资金来源单一，管理机制不健全。
目前，我国生态补偿主要由政府买单，生态补偿的市场手段包括生态税费制度和市场交易模式，但目前我国还没有专门的生态税，仅是某些税制有利于生态环境保护，市场交易模式也有排污权交易、水权交易和碳汇交易，出水权交易在我国实施较为成熟外，排污权交易和碳汇交易正处于起步阶段。同时由于没有有效的生态补偿金使用监督机制，影响了生态补偿金的使用效率。
对此，关于水源地生态补偿，苗纪法、黄宇民等人提出了以下对策建议：
1)控制农业面源污染的补贴。根据联合国粮农组织(FAO)有关资料估计，施用化肥可使粮食作物总产量大约提高30%以上。而我国每亩耕地增加施肥1公斤，平均可增产粮食3.89公斤。如果林区农村地区化肥的施用量减少一半，粮食减产所带来的损失每年约为847万元，没有生态补偿的驱动，很难减少化肥用量，同理对控制神农架林区目前的化肥使用量也是一种保障。
2)应当重视人居环境的改善。现阶段，当地居民比较接受出于改善人居环境的环保项目投入。因此，在保护自然环境的同时，更要重视改善人居环境。主要指农村地区社会事业的投入，提高农民收入水平和保障水平等方面所需资金的补贴和农村生活污水治理、农村生活垃圾无害化处置，以及农村污染治理等所需费用的补贴。
3)建立行之有效的保障措施。由神农架林区水源地生态补偿工作领导小组办公室根据生态补偿工作领导小组意见，对年度生态补偿专项资金补贴项目予以初步审核，并纳入财政性项目管理范围。设立水源地生态补偿专项资金财政专户，实行专款专用。实行信息公开，定期公布生态补偿专项资金使用情况及相关工程进展情况，建立使用资金效益评估机制，实行生态补偿专项资金使用情况审计制度，促进资金使用的规范化和科学化。
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