解读《Digital Gene-Expression Profiling Analysis of the Cholesterol-Lowering Effects of Alfalfa Saponin Extract on Laying Hens》，利用数字基因表达谱揭示苜蓿皂甙降低鸡蛋胆固醇含量的分子机理。
文章简介
河南农业大学畜牧兽医学院与诺禾致源合作，利用转录组DGE(数字基因表达谱)技术对苜蓿皂甙饲养条件下的蛋鸡肝脏和卵巢转录组进行分析，初步揭示了苜蓿皂甙影响胆固醇代谢的分子机制。该研究成果2014年9月6日在线发表于国际著名学术期刊《PLoS ONE》（IF：3.534）
研究背景
心血管疾病是常见的疾病之一，发病率和死亡率居高不下，研究表明高浓度的血液胆固醇含量会提高心血管疾病风险。鸡蛋是日常胆固醇摄入的主要来源之一，使用0.15%的苜蓿皂甙提取物（Alfalfa saponin extract, ASE）饲养蛋鸡可以降低鸡蛋中的胆固醇含量，但ASE参与胆固醇代谢的分子机理尚未研究清楚。本研究利用转录组测序技术为ASE在胆固醇代谢过程中的分子机理研究提供了新的切入点。
研究策略
研究成果
1. 数据产出：实验组和对照组的肝脏RNA测序获得9687839和14860639 个reads，卵巢RNA测序获得11261644和12617106个reads；
2. 拼接组装：使用TopHat对测序reads进行mapping，有效mapping率均达到75%以上，
3. 差异表达：通过对基因的RPKM进行计算比对，在肝脏中找到110个差异基因，在卵巢中找到了107个差异基因；
4. 功能注释：通过基因GO富集分析显示，肝脏中的差异基因主要涉及的功能有脂肪酸合成和代谢、脂肪合成和代谢，卵巢中的差异基因主要与应激反应相关(图1)；
5. 代谢通路：KEGG分析结果显示，肝脏中的差异基因涉及的通路有脂肪酸代谢、糖代谢、PPAR信号通路等，卵巢组中的差异基因集中在ECM受体反应通路、溶酶体和粘附分子作用相关的通路。
6. 基因表达水平验证：选取肝脏和卵巢中差异表达基因各8个，利用qRT-PCR验证基因表达水平变化，其中11个基因的表达水平与测序分析结果一致，3个表达趋势相似，2个表达水平变化不一致；
参考文献
Zhou, Lu, et al."Digital Gene-Expression Profiling Analysis of the Cholesterol-LoweringEffects of Alfalfa Saponin Extract on Laying Hens." PloS one 9.6 (2014): e98578
