GWAS研究搜索整个基因组，查找单个DNA变化与生物体属性(如抗生素耐药性)有关的位点。要出现这种情况，就必须发生一个称为重组的遗传交换过程。这是两段DNA序列结合、交换遗传数据和重排单一变化组合的部位。由于重组(在人类中是很常见的)在细菌中很罕见，所以在这之前，研究人员无法定位构成一个基因的碱基序列中的单个变化。直到现在，才有可能定位一般区域，在这些区域中，变化发生在所谓的镶嵌基因(包含来自多个菌株的遗传学数据)中。
为了克服这个障碍，本文中的研究人员使用最丰富的肺炎链球菌可用数据集，由玛希隆牛津热带医学研究部门的儿科医生Claudia Turner博士和临床微生物学家Paul Turner博士收集。研究人员从缅甸和泰国边境一个难民营的近1000名婴儿和母亲中，分离出3000多种肺炎链球菌的样本数据集，可提供足够的重组事件，为研究人员提供了关于引起耐药性的位点变化的精确数据。
第二组隔离菌群(几百个)是从马萨诸塞州收集，作为项目的一部分，旨在评估疫苗对2001年引入美国的肺炎链球菌的影响。
本文资深作者Stephen Bentley教授称：“在这项研究中，我们已经表明，这种强大的遗传工具，改变了我们对于人类遗传学的理解，可以应用于细菌。这为抗生素耐药性、传播和毒性研究，开辟了新的途径，而以前在细菌基因组学中研究这些方面，被认为是不可能的。”
该研究的下一阶段将包括，调整这项技术，以能够识别细菌中那些使菌株更致命的基因，和那些使菌株在寄主之间传播的基因。随着基因测序进入诊所，这种详细的理解，将会让我们找到更好的控制和治疗策略。
Julian Parkhill教授说：“揭开耐药性背后的所有单字母差异，对于未来用基因组测序预测临床微生物的抗生素敏感性，是至关重要的。GWAS，可让我们能够找出真正的遗传原因，从而能够做到这一点。”
