“普兹泰实验”
1998年8月10日，苏格兰罗威特研究所的普兹泰在电视节目中介绍了自己的一项实验。他用两种没有在市场上销售过的转入了植物凝血素的转基因土豆喂养老鼠，发现“这些食用了转基因土豆的老鼠出现了轻微的发育迟缓现象，免疫系统也受到影响”。普兹泰的实验设计方法遭到了由罗威特研究所和其他科研单位的科学家共同组成的委员会质疑。
英国皇家学会组织专家对该实验展开同行评审，指出普兹泰的实验存在严重错误，如不能确定转基因与非转基因土豆的化学成分有差异；对试验用的大鼠仅仅食用富含淀粉的转基因土豆，未补充其他蛋白质以防止饥饿是不适当的；供实验用的动物数量太少，饲喂几种不同的食物，且都不是大鼠的标准食物，欠缺统计学意义；实验设计差；统计方法不恰当等等。因此结果和相应的结论根本不可信。
帝王蝶幼虫之死
1999年，美国康奈尔大学昆虫学家John Losey在《自然》杂志上发表通讯称，用拌有转Bt基因抗虫玉米花粉的马利筋草可致帝王蝶（Monarch Butterfly）幼虫死亡。这一研究发表后，立刻在世界范围内掀起了一场有关转基因作物生态安全的辩论。质疑包括：这一实验是在实验室完成的，并不反映田间情况，而直接把实验室试验结果推广到自然界是环境研究的第一大忌。另外，该实验报告没有提供花粉量的数据。
2001年，美国环保局组织昆虫专家们对此进行专题研究讨论后认为，抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶的威胁极其微小。此后，很多科学家对帝王蝶的研究和观察一直在继续，基本上认可了美国环保局的结论。由于美国人对帝王蝶的喜爱，虽然结论最后被推翻了，但影响也是非常长远的。《自然》杂志同期发表编辑声明：该文所提供的证据不足以支撑其发表，作者为支持其结论提交的新证据还需要进一步检验。
老鼠后代减少
2007年，维也纳大学的泽特克教授（Jürgen Zentek）及其研究小组受奥地利政府委托，对孟山都公司研发的转基因玉米NK603（抗除草剂）和转基因玉米MON810（Bt抗虫）的杂交品种进行了实验。他们声称，喂了20周的转基因杂交玉米的小鼠产下的第三窝和第四窝的后代数量较少、体重较轻。这一结论立刻被绿色和平组织等反转基因团体广泛传播，说转基因作物的遗传毒性到第三代开始暴露。
实际上，奥地利政府关于转基因玉米是否影响老鼠生殖共委托进行了三项研究，其中仅泽特克负责的一项发现了潜在问题。奥地利联邦卫生家庭及青年部对此展开了调查，认为这项研究对统计数据的分析是不正确的，因此其结论不可靠。
大鼠患癌症
2012年9月19日，法国卡昂大学的研究人员塞拉利尼（Gilles-Eric Seralini）在《食品化学毒物学》（Foodand Chemical Toxicology）杂志上发表研究文章称，用抗除草剂的NK603转基因玉米喂养的大鼠，致癌率大幅度上升。
塞拉利尼对大鼠进行了长达两年的监测，相比对照组，吃转基因玉米的大鼠得了更严重的癌症，肿瘤个体更大，死亡更早。而之前由孟山都公司针对NK603进行的90天大鼠试验则显示，转基因玉米对大鼠没有不利的影响。
戏剧性的是中国农业大学食品科学与营养工程学院副教授许文涛的研究小组同期也在《食品化学毒物学》杂志上发表了一篇类似的论文，得到的结论是转基因玉米无害，没有引起任何反响。他们的试验按照常规做了90天，喂养的转基因玉米是国内培育的含G2-aroA基因的转基因玉米品系，使用的大鼠品系和法国研究人员相同，都是SD大鼠。
国内学者张启发、严建兵等人也随即提出对该法国实验结果的质疑，并乐观的表示，“有争议也是好事，可以引发人们的辩论，真理总是越辩越明。”
