新方法实现50小时内快速诊断新生儿遗传疾病
一种能够快速检测DNA的设备和对于所得结果的最新型分析方法能够在较短时间内诊断出新生儿的遗传缺陷，刊登在《科学—转化医学》上的一份新研究报告指出。
目前，多达三分之一的新生儿由于患遗传性疾病需要进入新生儿重症监护室治疗。虽然症状可能十分严重，但是引起该症状的遗传原因却很难确定。已经有无数基因性疾病被发现，但是有效的配套检测方法却十分有限，甚至这些检测方法仅仅能够诊断出最为常见的基因突变。
而全基因测序能够快速检测出许多疾病，但是其代价十分昂贵，结果非常复杂，并且所需时间过长。美国密苏里州儿童慈爱医院的Stephen Kingsmore领衔的研究小组应用一种更快速、更简单的方法来找出全基因序列中相关的基因突变。该方法是为一般的、没有接受过专门遗传学方面训练的内科医生而设计的，以方便他们的临床使用。
研究人员表示，新的全基因组测序技术仅在几天之内就能对重症监护室中的新生儿的遗传性疾病进行诊断。该技术主要的革命性特点是速度——在一个为时50小时的周转时间内就可获得遗传学的检验结果，而使用目前的方法需要几个星期的时间才能获得这些结果。
这种基因测试能够缩短获得诊断的时间，以便快速启动任何适当的治疗，并减少焦虑的父母获得遗传咨询的时间。Kingsmore说，尽管该研究中的诊断报告没有影响治疗方案，但是简便地进行检测会是一种巨大的安慰，而且内科医生能够停止那些昂贵的、具侵略性的测验，家庭也能就未来怀孕计划得到遗传咨询。
新方法快速诊断新生儿遗传疾病
据悉，这种叫做SSAGA的技术可让任何医生通过几次点击就能开出一个复杂的基因组检验结果。在获取一滴血并提取了宝宝的DNA之后，医生们可按下代表他们在一个病人中所见的某疾病特征的按钮。电脑接着会将那些绘制成为大约有7500个基因和遗传性疾病的完整的集合。该系统接着会寻找可解释宝宝疾病的DNA编码的改变。
参与研究的科学家表示，该整个过程可在大约2天内完成，因此，它在新生儿重症监护病房中使用是理想的。
研究人员用这种新技术能够在他们所测试的4个宝宝中对3个作出明确的诊断。这种快速的诊断对保证宝宝的健康可产生巨大的作用，大约有500种遗传性疾病可以得到治疗。例如，苯丙酮尿症就是一种会影响新生儿并导致智力障碍和癫痫发作的遗传病，然而，接受适当的早期诊断和后续治疗就可使得孩子具有正常的智力发育和寿命。
该研究团队接下来计划将该测试扩大至100个或以上的宝宝，以准确地了解该测试方法确切的效益、成本及问题（如果有的话）。研究人员还相信他们能够在今年底将总的检测时间从50小时削减成36个小时。
这些创新将能够帮助更多的医院在临床护理中实施基因测序，贝勒医学院的人类基因组测序中心主任Richard Gibbs提到，“从这里，很多人开始意识到未来就是现在”。
帮助那些患有严重疾病的儿童，时间非常重要，威斯康星州医学院遗传学家Elizabeth Worthey指出。她还希望大型医疗机构能制定信息共享政策和技术，来救治患病儿童。
但是，迅速检测无法诊断出所有的基因性疾病，Kingsmore表示，目前的测序技术通常会忽略诸如重复基因等基因突变。尽管如此，他预言未来测序方法能在很多时候提供及时有效的诊断，否则这些依然是令人痛苦的秘密。
Rapid Whole-Genome Sequencing for Genetic Disease Diagnosis in Neonatal Intensive Care Units
Carol Jean Saunders, Neil Andrew Miller, Sarah Elizabeth Soden, Darrell Lee Dinwiddie, Aaron Noll, Noor Abu Alnadi, Nevene Andraws, Melanie LeAnn Patterson, Lisa Ann Krivohlavek, Joel Fellis, Sean Humphray, Peter Saffrey, Zoya Kingsbury, Jacqueline Claire Weir, Jason Betley, Russell James Grocock, Elliott Harrison Margulies, Emily Gwendolyn Farrow, Michael Artman, Nicole Pauline Safina, Joshua Erin Petrikin, Kevin Peter Hall and Stephen Francis Kingsmore
Monogenic diseases are frequent causes of neonatal morbidity and mortality, and disease presentations are often undifferentiated at birth. More than 3500 monogenic diseases have been characterized, but clinical testing is available for only some of them and many feature clinical and genetic heterogeneity. Hence, an immense unmet need exists for improved molecular diagnosis in infants. Because disease progression is extremely rapid, albeit heterogeneous, in newborns, molecular diagnoses must occur quickly to be relevant for clinical decision-making. We describe 50-hour differential diagnosis of genetic disorders by whole-genome sequencing (WGS) that features automated bioinformatic analysis and is intended to be a prototype for use in neonatal intensive care units. Retrospective 50-hour WGS identified known molecular diagnoses in two children. Prospective WGS disclosed potential molecular diagnosis of a severe GJB2-related skin disease in one neonate; BRAT1-related lethal neonatal rigidity and multifocal seizure syndrome in another infant; identified BCL9L as a novel, recessive visceral heterotaxy gene (HTX6) in a pedigree; and ruled out known candidate genes in one infant. Sequencing of parents or affected siblings expedited the identification of disease genes in prospective cases. Thus, rapid WGS can potentially broaden and foreshorten differential diagnosis, resulting in fewer empirical treatments and faster progression to genetic and prognostic counseling.
文献链接：Rapid Whole-Genome Sequencing for Genetic Disease Diagnosis in Neonatal Intensive Care Units
