全基因组测序让医生选择儿童成神经细胞瘤最佳疗法
通过全基因测序识别大规模染色体损伤可帮助医生选择儿童神经母细胞瘤最佳疗法，神经母细胞瘤是儿童最常见的肿瘤之一。研究人员成立了一个由伦敦癌症研究院共同领导的国际协作组织来完成这项试验。
研究人员呼吁将全基因组测序作为全世界所有被诊断患有神经母细胞瘤儿童标准治疗方案的一部分。神经母细胞瘤是一种神经系统发育时所患的肿瘤，有的类型治疗效果非常好，而其他类型则具有高度侵袭性，使这种疾病成为儿童癌症死亡的主要原因之一。由于冲击治疗会带来终生后遗症，所以鉴别肿瘤类型对准确诊断和制定最合适治疗方案都非常重要。
科学家们分析了来自世界各地的8800位成神经细胞瘤病人的医疗记录，发现几个大规模遗传缺陷与生存率紧密相关，所以全基因组测序将会比单个遗传因素测序更加有效的预测该疾病预后。研究结果今日刊发在《英国癌症杂志》。
医生借助全基因组测序选择儿童成神经细胞瘤最佳疗法
研究第一作者，癌症研究院英国癌症研究中心儿科肿瘤学教授，皇家马斯登NHS信托基金会儿科顾问医师AndyPearson教授说：“我们的研究发现每个被诊断为神经母细胞瘤的患者都应进行全基因组测序。最近几年进行全基因组测序所需的技术被更加广泛的使用，并且越来越廉价。我们相信全世界大多数发达国家的诊断实验室都具备这种能力。全基因组测序可以帮助医生给他们的病人做出更精确的诊断并制定最佳的治疗方案，这样可以最大程度的挽救生命并使孩子免于遭受严重副作用。
一个国际神经母细胞瘤风险协作小组为这项研究做了大量的前期工作，并在此基础上完成了此项研究。他们提出基于13种特点对肿瘤进行分类，包括三个基因改变状态（染色体倍数、MYCN基因、11q基因节段改变）。自从四年前推出该分类系统，科学家对这种基因改变所致的侵袭性成神经细胞瘤有了更进一步的认识，并有证据显示此种疾病与许多其他基因突变有关。
最新研究发现两个新的基因节段改变—与复制或删除相关的大型DNA片段突变，与病人生存率相关，特别是1p和17q基因节段状态。这个研究进一步得出结论—测序整个基因组可以提供绝大部分预后信息，因为它把所有影响病人生存率的因素，连同那些频率相对较低但非常重要的遗传改变都加以考虑。这个团队现在正在计划更新官方分类系统并纳入新的相关信息，以此改善成神经细胞瘤的个性化治疗方案。
Segmental chromosomal alterations have prognostic impact in neuroblastoma: a report from the INRG project.
G Schleiermacher, V Mosseri, WB London, JM Maris, GM Brodeur, E Attiyeh, M Haber, J Khan, A Nakagawara, F Speleman, R Noguera, GP Tonini, M Fischer, I Ambros, T Monclair, KK Matthay, P Ambros, SL Cohn, AD Pearson
Background: In the INRG dataset, the hypothesis that any segmental chromosomal alteration might be of prognostic impact in neuroblastoma without MYCN amplification (MNA) was tested.
Methods: The presence of any segmental chromosomal alteration (chromosome 1p deletion, 11q deletion and/or chromosome 17q gain) defined a segmental genomic profile. Only tumours with a confirmed unaltered status for all three chromosome arms were considered as having no segmental chromosomal alterations.
Results: Among the 8800 patients in the INRG database, a genomic type could be attributed for 505 patients without MNA: 397 cases had a segmental genomic type, whereas 108 cases had an absence of any segmental alteration. A segmental genomic type was more frequent in patients >18 months and in stage 4 disease (P<0.0001). In univariate analysis, 11q deletion, 17q gain and a segmental genomic type were associated with a poorer event-free survival (EFS) (P<0.0001, P=0.0002 and P<0.0001, respectively). In multivariate analysis modelling EFS, the parameters age, stage and a segmental genomic type were retained in the model, whereas the individual genetic markers were not (P<0.0001 and RR=2.56; P=0.0002 and RR=1.8; P=0.01 and RR=1.7, respectively).
Conclusion: A segmental genomic profile, rather than the single genetic markers, adds prognostic information to the clinical markers age and stage in neuroblastoma patients without MNA, underlining the importance of pangenomic studies.
