邱小波教授是“蛋白质修饰和降解”领域的杰出学者，曾先后获得国家杰出青年基金、国家人事部高层次留学人才基金，并入围“百千万人才工程”国家级人选。在接受生物探索采访时，他强调道：“蛋白质是生命活动的主要执行者，其修饰和降解关联所有的生命活动，是生命医学研究领域的一个永恒主题。”
1996年，刚从美国南加州大学药学院获得博士学位的邱小波并没有按照常理地走“药物研发”这一条路。“当时的想法很简单，就是觉得开发药物需要了解疾病的发生机制。所以我申请加入哈佛大学医学院，开始了细胞生物学的研究之路。” 邱小波教授回忆道。
博士后阶段，他所在的团队主攻“泛素-蛋白酶体”（一种细胞内蛋白质降解的主要通路）研究方向。其中，泛素化是蛋白质的一种修饰方式，也是表观遗传学领域的热门，而蛋白酶体的主要功能则是清理被标记的蛋白质，已成为疾病治疗领域备受关注的药物靶点。
近20年的研究生涯里，邱小波教授完成了多项原创性突破——发现新的泛素连接酶Nrdp1，并证实由Nrdp1 介导的细胞凋亡抑制蛋白BRUCE 的降解是引发细胞凋亡的新途径；找到在哺乳动物蛋白酶体中作为泛素底物受体的亚基hRpn13；发现生精蛋白酶体，并解析核心组蛋白的降解机制。问及秘诀，他笑着说：“这个领域很宽，充满着未知和惊喜。”
2013年，已在北京师范大学任职4年多的邱小波教授带领团队揭示了组蛋白降解的机制，而这一发现也颠覆了科学界关于“体细胞组蛋白不降解”的观点。他们证实，在体细胞DNA损伤修复及精子发生过程中，乙酰化介导核心组蛋白由特异的蛋白酶体降解。这一开创性研究发表于权威学术期刊《Cell》，有望为“乙酰化介导蛋白质降解”开辟新的研究方向。
随后，基于泛素化研究的多年累积，他的团队参与发现结核杆菌入侵的机制，证实该细菌会利用宿主泛素激活其抑制宿主固有免疫反应。这一结果为肺结核治疗提供了新线索。
邱小波教授表示，团队下一步将继续围绕泛素-蛋白酶体等方向展开研究。基于泛素-蛋白酶体通路在疾病发生发展中的关键作用，他希望能够延续博士阶段的“初衷”，继续针对基础研究中发现的靶点进行药物研发。
2008年，邱小波教授加入北京师范大学生命科学学院，组建研究团队的同时还承担着教学任务，包括本科生的《分子生物学》双语课程以及多门研究生课程。对于自己的职业生涯，他如此评价，“大学的主要任务是‘教书育人’，同时能够进行自己感兴趣的科研，这让我很知足和享受。”
邱小波教授也坦言，科研并不是简单的职业选择。对于青年学者，当然需要考虑“生存大计”，但最重要的是找准研究方向并心无旁骛地坚持自己的选择。
对于冷泉港亚洲会议对学术的推动作用，邱小波教授给予充分肯定：“当下，国家注重科学创新。借助于冷泉港会议这样的大型学术平台，国内学者能够跟国外大咖平等交流、互相学习。所以，我们处在一个很棒的时代。”
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