小保方指导老师笹井芳树8月5日自杀，其背后原因一直受到大家的多方猜测。在8月12日举行的新闻发布会上，代表笹井芳树家庭的律师强烈谴责媒体对两篇被撤回论文的狂风暴雨一样的追踪报道，而改革委员会关于撤销发育生物学中心的无理建议也是导致笹井芳树自杀的重要原因。
8月5日笹井芳树自杀的消息发布后，许多日本科学家、记者和博客都希望了解导致笹井芳树自杀的原因。52岁的笹井芳树教授生前任职于日本理化研究所发育生物学中心，是国际顶级干细胞研究专家。生前一段时间一直纠缠于两篇共同作者的论文，两篇发表在1月《自然》上的论文最终在7月被撤回。8月12日的新闻发布会上，笹井芳树家庭的代表律师Kazuhiro Nakamura总结了笹井芳树写给他家庭的遗书，笹井芳树在遗书中说自己被大众媒体不公正报道和对理化研究所和实验室的责任彻底淹没。Nakamura律师并没有公开全部遗书内容。
在调查小保方的两篇论文学术不端过程中，调查委员会发现笹井芳树在监督小保方开展研究和提交论文中责任重大，但是最后的结论他并没有受到责罚。但是随后日本媒体一直映射他应该担负责任，并对他的个人生活穷追不舍。许多媒体文章用没有证据的声明对他进行攻击，更严重的是，6月日本理化研究所改革委员会，以杜绝将来发生类似学术不端为理由，发表了责备发育中心副主任正敏竹市和笹井芳树的报告，提出他们为了能超越iPS细胞技术，违反规定程序招聘了小保方。他们还指控笹井芳树策划让小保方身穿祖母赠送的围裙参加新闻发布会，还推测控笹井芳有通过STAP细胞获得更多研究经费的愿望。正敏竹市和笹井芳树对这些指控都提出了反对意见。除了正敏竹市外，委员会从来没有约谈过其他任何发育中心的人，就擅自得出控笹井芳动机的结论。报告也没有对这些指控提出任何解释，并提出解散发育研究中心的建议。
6月份为回应《自然》记者关于委员会成员的询问，Nakamura律师提供了一份理化研究所改革委员会为避免任何不必要的混乱和误解而拒绝回应的声明，并说委员会已经解散。东京大学名誉教授Teruo Kishi是改革委员会主席，曾经在日本媒体上发表评论，当他知道笹井芳树自杀的消息后，他说如果理化研究所按照改革委员会的建议快速行动，完全能避免笹井芳树自杀的悲剧。观望的态度将他们暴露在大众媒体的一片批评声中，只能让事情变的更糟糕。但是根据Nakamura对笹井芳树自杀原因的总结，正是改革委员会撤销发育生物学中心的建议给了他最致命的一击，而并不是理化研究所的反应迟钝导致笹井芳树自杀。
Kishi教授说他希望通过撤销发育生物学中心，能让理化研究所重新获得干细胞研究领域的领导地位。
干细胞学家认为日本理化研究所发育生物学中心已经拥有国际领先地位，国际同行也都一致支持他们，并认为改革委员会提出撤销发育中心的建议比论文事件更有害。
理研仍然没有最后确定发育中心的今后命运，很多人尤其他的家庭成员必须面对笹井芳树自杀带来的问题。8月12日的新闻发布会上，Nakamura发布了笹井芳树家庭的声明，他们已陷入深深的悲痛中，在过去漫长的6个月中，他们几乎都崩溃了。他们看不到希望，只见到绝望。他们希望发育生物学中心的成员能返回到正常研究和恢复平静生活，希望他们的隐私不要继续再受到侵犯。
