根据日本新闻网6月5日爆料，在小保方晴子论文风波事件中，RIKEN也应承担难以逃避的责任。RIKEN曾因STAP细胞聘用小保方晴子，并极力提拔她。
2011年，小保方晴子从早稻田大学博士毕业后，在该校做一名访问学者，之后她向RIKEN提交了自己的研究计划，RIKEN因STAP细胞研究所可能带来的“潜在学术影响力”，加上发育生物研究中心进行类似的研究，于是RIKEN匆忙中应聘小保方晴子上岗，甚至连惯常的做法，推荐信也省下了。找小保方谈话，也是使用日语，而不是英语。
当小保方晴子加入RIKEN后，RIKEN发现她的有关STAP细胞研究竟然未发表，于是进一步提拔她成为该中心主任，而完全忽略其经验不足。在某种程度上说，小保方可能是在自己身居“高位”的情况下，为了保住这一身份，才铤而走险的。如果没有RIKEN大力提拔的压力，或许她还会继续慢慢推敲自己有关STAP细胞方面的研究，而不是走急功近利之路。
在小保方晴子论文发表后，外界质疑声不断，很长一段时间，RIKEN并未发声，只是在后来在情况不妙的形势下，RIKEN才成立调查委员会进行全方面调查，令人感到可笑的是，调查委员会主席自己也深陷造假泥淖，而不得不辞去这一职务。4月1日，RIKEN的调查结果出来，RIKEN就对小保方晴子采取截然相反的态度，要求其撤稿。5月28日，小保方晴子撤销其第一篇文章。6月4日，RIKEN表示，小保方晴子同意在撤回第二篇论文的文件上签字。此次撤稿的是有关STAP细胞的“主论文（Article）”，纪录了有关STAP细胞的制作方法及其万能性的研究成果。
事实上，击溃小保方晴子最后的一道心理防线，是其论文的合著者、哈佛大学导师查尔斯•维坎提（Charles Vacanti）要求撤稿，而并非来自在RIKEN的压力。
小保方晴子这样地坚持还是有自己理由的。但是现在还有谁愿意去听听她的故事？
