化肥过度投放、粪便随意排放、农药残留，生态环境恶化靠什么化解？
杨自文的办法是：利用微生物技术降解污染，变废为宝，改善水质，净化空气，肥沃土壤，恢复生态平衡。
作为省农科院首席专家，杨自文担纲省农科院生物农药工程研究中心主任15年，先后主持国家、省重大项目12项，国际合作项目11项，荣获全国优秀农业科技工作者称号。
一次，时任科技部部长朱丽兰访问瑞士诺华公司时问：“你公司与我们中国合作有进展吗？”对方答道：“有一种新药已进入临床研究了，是抗超级细菌感染的。这种药是与湖北省农科院共同开发出来的。”
诺华公司所说的就是杨自文领衔的研究中心。
1999年，省农科院因一起风波导致技术骨干“空巢”，在韩国汉城大学从事博士后研究的杨自文临危受命，赶回来领头担纲。
如何以研发驱动，实行学科再造，成为头等大事。
杨自文选择与跨国公司合作，给先正达、诺华等公司“打工”，进行微生物提取、早期鉴别、筛选等工作，一步一个台阶，从原始创新到产品推广，产业链一直走到头。这一合作的过程也是我国生物农药发展的历程。合作的结果是该中心培养出具有国际视野的专业人才，技术水平和实力不断提升，跨国公司把前期技术都搬到湖北来。
如今，该中心建成3个平台：科技部资助的国家生物农药工程技术研究中心、发改委资助的武汉国家生物产业基地公共实验中心和农业部资助的农业微生物资源利用华中试验站，成为集生物药物原创性研究、生物转化与催化、绿色化学合成、工程技术开发、制剂技术研究与示范推广的链式综合性生物农药创制平台。
中心根据国家和市场需求实行全领域研发，打破了国内仍然普遍存在的“课题组”模式，一些跨国公司高管评价，像这样的研发机构，中国还没有几个。
中心开发出一整套微生物循环系统，研制出发酵全价饲料用于养猪，每头猪可减少养殖成本200元，增效400元；用在鸡、牛、羊等饲养上也收到明显的经济和生态效益。
资产从过去200万增值到现在的近1个亿。目前该中心拥有11万株微生物、500多个新结构、新活性化合物，去年靶标突破150万份。资源充足，生物农药源源不断开发出来。
杨自文的目标更远：延伸研发领域，打造生态循环农业微生物技术解决方案，包括生态种植、生态养殖、生态土壤解决方案等，实行清洁生产，达到零残留、零废弃，使我国农业上升到一个更高的层次。
