4月13日，国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，听取山东济南非法经营疫苗系列案件调查处理情况汇报，决定先行对一批责任人实施问责；通过《国务院关于修改〈疫苗流通和预防接种管理条例〉的决定》，强化制度监管。
357名公职人员等予以撤职、降级等处分
会议指出，疫苗质量安全事关人民群众尤其是少年儿童生命健康，是不可触碰的“红线”。我国的疫苗体系总体是安全可靠的，凡发现漏洞，必须坚决堵住。山东济南非法经营疫苗系列案件发生后，国务院批准组成部门联合调查组，并成立国务院工作督查组，深入开展实地调查，推进全国协查联办，加大案件查办督促指导力度，组织对查扣疫苗开展安全性有效性评估。
目前第一阶段调查处理工作基本完成。初步查明，此次疫苗系列案件涉及面广，性质恶劣，是严重违法犯罪行为，也暴露出疫苗质量监管和使用管理不到位、对非法经营行为发现和查处不及时、一些干部不作为、监管和风险应对机制不完善等突出问题，教训深刻。会议要求抓紧完成对涉案疫苗接种人群的风险评估，及时向社会公开评估结果，妥善做好后续处置，并加快完善食品药品监管体制和疫苗管理长效机制，强化事中事后监管，对危害群众生命健康的违法违规行为绝不姑息。目前各地已立案刑事案件192起，刑事拘留202人。
根据已查明情况，会议决定，依法依纪对食品药品监管总局、卫生计生委和山东等17个省（区、市）相关责任人予以问责，有关方面先行对357名公职人员等予以撤职、降级等处分。下一步还要坚决依法严惩违法犯罪和失职渎职行为，并根据案件查处情况，提出进一步问责处理意见。
严格疫苗流通管理，建立疫苗从生产到使用的全程追溯制度
会议强调要立足标本兼治、强化制度监管，通过了《国务院关于修改〈疫苗流通和预防接种管理条例〉的决定》，明确：
一要严格疫苗流通管理，将自愿接种的第二类疫苗比照国家免疫规划用的第一类疫苗，全部纳入省级公共资源交易平台集中采购，不再允许药品批发企业经营疫苗，坚决制止通过借用资质和票据进行非法经营的“挂靠走票”等行为。
二要建立疫苗从生产到使用的全程追溯制度，强化储存、运输冷链要求，增设疾控机构、接种单位在接收环节索要温度监测记录的义务。
三要加大处罚及问责力度，对非法购销、未按规定储运疫苗等违法行为提高罚款金额，增设对责任人员的禁业处罚，并严格属地监管职责，增加地方政府及监管部门主要负责人引咎辞职的规定。
《决定》还完善了预防接种异常反应补偿制度等内容。
