菠萝| 基因测序报告,这本“天书”该怎么读?

2015-08-24 11:19 · jiankangkp

如果你花钱请大仙算了一卦,但完事儿后,他不给你好好解卦,却直接丢给你一本根本看不懂的“解卦大百科全书”,你想不想骂人?现在的基因测序服务经常就是这样。

如果你花钱请大仙算了一卦,但完事儿后,他不给你好好解卦,却直接丢给你一本根本看不懂的“解卦大百科全书”,你想不想骂人?

现在的基因测序服务经常就是这样。


基因测序,一个火得不行的词,不管是癌症病人,孕产妇,还是普通老百姓,都或多或少会接触到这个词。国内各种基因测序公司如同雨后春笋一般,刺溜一下就冒出来了。

基因测序本身是个非常好的东西,正在迅速改变大家的生活,我举双手双脚赞成靠谱测序的的应用推广,尤其是在癌症(比如遗传基因检测),优生优育(比如测罕见遗传病),和微生物学(比如感染诊断)。

癌症是基因测序的第一大市场。现在对很多癌症病人,尤其是乳腺癌、肺癌、直肠癌病人,基因检测几乎是必做的。

但无论什么应用,基因测序有个最大的问题:普通老百姓看不懂结果,必须请专业人士咨询指导。

但目前多数公司“管测不管说”,“管杀不管埋”,测序结果出来后直接丢一堆分析表格给顾客。很多客人看到结果后,开始恶补生物医学知识,最后仍是一知半解。有人向我感慨:“菠萝,我真后悔当年高中生物课没好好上。”为了让大家感觉好一点,菠萝可以放心的说,即使你当年高中生物课好好上了,你还是看不懂。

要正确理解基因测序结果,必须要有长期的生物学,尤其是遗传学的训练。在免费咨询了几十份基因测序结果以后,我发现,这也许是解决广大生物同学就业难题的好机会!

“21世纪是生物的世纪”,这句话把一群人忽悠进生物专业已经20年了,而这群人在寂寞中隐忍不言,就是在等大家看不懂基因测序结果的那一天。

基因测序结果长哪样?癌症病人基因测序结果到底有多复杂? 下面是一份我咨询过的肺癌基因测序报告的第1页(一共35页):


能读懂的请举手!

有多少人拿到这个报告,放眼只看到了“肺癌”“基因”“药物”这几个词?

全外显子是啥?NCCN是啥?杂合多态性和纯合多态性是啥?ADH1B基因是啥?R337C突变是啥?非移码插入突变是啥?基因扩增1.8倍是啥?丰度是啥?

一句话,我的家人到底应该怎么治?

别说普通大众,很多医生或生物专业的人都不能完全搞懂这些玩意儿。

有人也许能一眼看到“EGFR基因,DdelinsDG第20外显子非移码插入突变(丰度44%)”是最关键的,其它很多信息对确定治疗方案并没有什么卵用。但这需要很多年的专业训练。

对于大众,这样一份35页的报告,如果没人解读,对于大众无异于天书。

有人可能会说,基因检测结果的读者其实应该是医生,而不是病人或家属,稍微复杂一点无所谓。但如果我花了1万多块钱,我还是希望能懂一些东西,不是么?何况,万一医生也搞不懂呢?

基因测序结果怎么读?现在很多公司推广基因测序来进行癌症风险评估,或者筛查。下面是一位mm花6千元买来的“女性癌症风险评估套餐”结果。


该套餐测了20个和乳腺癌、卵巢癌相关的基因,结果测出了p53这个著名癌症相关基因突变,具体是p.Pro72Arg:说明这个基因第72位的氨基酸由脯氨酸(Pro)变成了精氨酸(Arg)。p53可是和癌症相关最重要基因之一。这下把mm吓坏了。

这突变是啥意思?mm心想先看看结果解释吧。不看不要紧,看完更晕,第3条说:“Pro72Arg与乳腺癌风险具有显著相关性”,第4条说:“Pro72Arg与乳腺癌患病风险无关”。

这不是自相矛盾么?有风险还是没风险?

mm打电话去给客服,客服说:“抱歉,我也看不懂。”

菠萝拿到后,一时也不确定,去做了好一会儿功课。最后解读了三点(前方高能预警:此处开始有大量专业词汇,只是为了严谨,读者可以跳过,直达下一部分):

1:Pro72Arg根本就不算是突变,而是自然发生的“基因单核苷酸多态性(SNP)”。这个多态性,简单来说,就是指正常人群之中,有些人p53基因第72位是脯氨酸,有些人是精氨酸,但重要的是,无论哪种,都是正常蛋白,不是突变蛋白!这就像有些人是A血型,有些是B血型,虽然不同,但都是健康的。

2:报告里面的第3条和第4条显然是互相矛盾的,这说明研究论文里对Pro72Arg到底是否增加癌症风险没有定论。

基因相关研究中这类矛盾的结果非常多!那怎么判断哪边观点比较靠谱?

最安全的办法当然是去读那些论文。但如果读不懂呢?那就看文章发表时间!比如这里,说Pro72Arg增加癌症风险的文章大多发表在2005年之前,而说它没有增加风险的文章则是最近10年的[1]。

请注意,一般来说,如果新旧研究论文水平类似,而且结论相反的话,菠萝会选择相信新文章!

原因有二,首先科学是不断进步的,新的知识和技术往往让研究更全面、完善、准确;另外新文章在发表之前,要经过专家审稿。如果新文章结论和以往的相反,作者必须提供大量证据来说服专业审稿人。新文章得以发表,说明专业人士认可新的研究结论,而旧的结论不准确。

3:即使相信Pro72Arg增加癌症风险,这位mm也是很安全的,因为她是杂合子,而不是纯合子。生物学上,人是二倍体,每一种基因都有两份,一份来自爸爸,一份来自妈妈。 p53基因也是一样,如果两个p53基因第72位都是都是脯氨酸,那就是脯氨酸纯合子,如果都是精氨酸,则是精氨酸纯合子。而这位mm是杂合子,说明她的爸妈给了俩不同的p53。提出Pro72Arg增加乳腺癌风险的旧文章,说的是精氨酸纯合子的患癌风险,比杂合子或脯氨酸纯合子略高[2]。没有任何文章说杂合子会增加癌症风险。

综合上面三点,我告诉这位mm:“放心,没事。”

基因测序公司的咨询师应该做的事情,我代劳了。

靠谱的基因测序咨询师在哪里?既然测序结果的解读如此重要,基因测序公司为什么不多雇一些专业人士做咨询师呢?

我能想到的有俩原因:第一,顾客群没有强烈要求,没必要去自我折腾,增加成本;第二,找不到合适的人;其中后者可能是主要原因:

1、中国目前没有基因咨询师这个专业,也没地方考证,公司不知道应该找什么样的人。

2、基因咨询基本就是接电话,感觉和淘宝客服很像,不符合科学家追求自由和清高的天性。

3、国内基因测序公司还在群雄混战阶段,大家都在专心做市场,做后台基因咨询不受重视,收入也不高,有这功夫,还不如去开Uber呢。

因此,基因测序后的咨询,现在是市场上很大的空白,但我认为同时也是很好的机会。首先做好咨询客服的测序公司很可能积攒良好口碑,占领先机,成为测序界的“海底捞”。同时,不做测序,而专注做专业基因咨询,也许有机会占领后期市场,并衍生出新产品,甚至垂直逆向整合。

21世纪什么最贵?人才!尤其是能解读基因奥秘的人才。

所以,请珍惜你身边每一位学生物的同学吧!各位看官请记得分享这篇文章,让更多人了解基因测序的小小奥秘。

如果你或者身边的朋友有基因测序咨询方面的问题,不妨把报告结果给菠萝丢过来看看:pineapple.onc@outlook.com

健康君编辑 | miffyyz

参考文献:

1: TP53 mutations in human cancers: origins, consequences, and clinical use.Cold Spring Harb Perspect Biol. 2010 Jan;2(1):a001008. 

2:Role of a p53 polymorphism in the development of human papillomavirus-associated cancer.Nature. 1998 May 21;393(6682):229-34.

关于本文

封面和文内图片由作者提供。

本文作者菠萝,清华大学生物系本科,美国杜克大学癌症生物学博士,现在美国加州从事癌症新药开发,著有科普书籍《癌症.真相》。

本文文字为作者原创,授权发表于“健康不是闹着玩儿”微信公众号,任何其他媒体(包括线上线下平台和公众号等)申请转载,需联系“健康不是闹着玩儿”,联系邮箱:hi@jiankangkp.com

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