经济观察报获悉，从9月11日开始到年底，农业部要对包括转基因在内的科研项目管理开始新一轮的清查整顿，分五组调查2011-2014年的农业科研项目经费使用管理情况，重点是监督农业科研项目资金是否做到单独核算、专款专用，有无扩大经费使用范围、预算外拨款、虚列支出、套取资金等违规、违纪、违法行为。
从去年以来，相关部委已多次就国家转基因项目经费使用情况进行检查，两个月前被曝光的中国农大院士李宁涉嫌挪用巨额转基因项目经费问题，就是其中之一。李宁采取的违法手段，是将国家转基因专项经费，或者直接转移至自己的公司，或者转移到与别人合伙开办的企业。一位熟悉情况的农业部专家告诉经济观察报，自2008年启动转基因生物新品种培育科技重大专项以来，国家财政最多的时候一年就有二三十亿元的预算，但却一直缺乏有效的监管，一些拥有院士级别的专家也在借机牟利。
此次曝光的李宁案，是在科技部、教育部、农业部等按照国务院相关文件规定展开检查整顿时被发现的。目前，清查仍在继续，李宁案并不是终结。经济观察报了解，具体到转基因科研经费监管方面，预计像李宁一样，在主持转基因重大项目的同时，又兼公司老板或者参股企业的情况，将会受到严格清查、严格整顿；而过去主持转基因项目的院士的权力，也可能会被削弱。
经费乱象
在国内农作物育种领域，拥有院士级别的转基因专家屈指可数，农作物育种领域有4个，水稻是华中农业大学生命科学技术学院院长张启发，玉米是中国农业大学国家玉米改良中心负责人戴景瑞，棉花是中国农业科学院副院长吴孔明、中国农科院棉花所所长喻树迅。
在国务院启动转基因生物新品种重大专项之前，每年国家财政对整个农作物育种的投入只有2~3亿元，对转基因农作物的育种的投入就更为有限。从2009年开始，国家把育种方向重点转向转基因，其中对水稻、玉米两大主粮的转基因科研投入最大。李宁主攻的是动物转基因育种，与近几年对三大主粮转基因育种的巨大投入相比，国家在动物转基因育种上的投入还不算大。
在李宁案发之后，媒体曾公开报道湖北、湖南等省转基因水稻种子泛滥现象，水稻转基因育种专家张启发在接受采访时也承认，他曾兼任武汉科尼植物基因有限公司的首席执行官，这家公司是各省违规转基因水稻种子流至市场的源头。
水稻之外，在转基因玉米种子监管方面，农业部也被认为存在很大漏洞。据上述农业部专家透露，早在2010年，农业部就在吉林、辽宁等地，发现有转基因玉米种子违规销售、种植现象，其中“中农大4号”、“中农大236”两个转基因玉米品种，是出自中国农业大学国家玉米改良中心旗下的北京中农大康科技开发有限公司，而戴景瑞也曾担任该公司的董事长。
在转基因育种方面，张启发、戴景瑞还有引人关注的政府机构头衔。张启发是国家农作物分子技术育种中心主任、国家植物基因研究中心(武汉)主任；戴景瑞是国家转基因玉米专项负责人。
目前官方还未公布李宁案案情，但据一些农作物育种业内人士了解，李宁是中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任，在从事转基因研究的同时，又搞企业经营，是典型的“官研商”一体，在转基因育种乃至整个科研领域，这样的“官研商”模式并不是个案。
上述农业部专家告诉经济观察报，去年中共中央办公厅完成一个相关科技项目的调研报告，列举了很多发生在科技界的违法违规事实，指出科技项目和经费管理方面的乱象应引起高度重视，该调研报告已获高层批示。
随后，科研经费投入的闸口骤然收紧。据中国农业大学校长柯炳生介绍，从2013年开始，国家对转基因生物新品种培育科技重大专项经费投入已经缩减至4亿元。
院士削权
包括转基因在内的科研经费反腐，由于涉及到院士，也在业界引发了一番对科研领域院士制度的讨论。
事实上，对国内从事转基因育种的专家来说，“院士”头衔在申请国家转基因项目方面，能量不可小觑。中国农科院专家佟屏亚撰文指出，李宁2007年在评院士过程中曾被提出论文造假事件，但此事后来不了了之，李宁保住了院士头衔，但在中国转基因大干快上的形势下，仅仅是一个转基因研究室主任，主持国家“973”、“863”、自然科学基金等18项重大研究项目，有几亿元的经费经手掌控。
“整个科技领域的大环境是，只要从专家上升至院士级别，就意味着掌握了绝对的学术话语权，在重大课题的申报和评审上占有极大的优势，而对单位而言，有院士就可以获得更优的学术资源和学术利益。”科技部一名不愿署名的官员告诉经济观察报，
前述农业部专家分析表示，在整个科研领域，涉及到院士级别的科学家贪腐问题，对国家造成的经济损失都很巨大，这与现阶段的院士制度有关。
中国著名玉米遗传育种专家许启凤也表示，现在院士制度已经严重束缚科技创新与科技进步，单纯靠严格清查、整顿科研项目经费管理问题，或者对违法违规院士进行严重处罚，都无法扭转当前的院士腐败问题，而是应该进行大刀阔斧的院士制度改革。
2013年起，中央高层就开始部署院士制度改革。政策风向方面最明显的标志是，十八届三中全会明确提出，“改革院士遴选和管理体制，优化学科布局，提高中青年人才比例，实行院士退休和退出制度”，这等于是为院士制度明确了改革的大方向。
经济观察报近期还获悉，目前，除了中科院、中国工程院还在制定相关院士制度改革细则，人社部方面也正在制定规范院士兼职和待遇方面的规定。另据前述农业部专家透露，相关院士退休制度也在紧张制定当中，其中，会涉及到敏感的院士退休年龄问题，预计在今明两年内，相关院士改革的一系列制度都将陆续出台。
