2014年7月15日，中科院北京基因组研究所DNA序列测定技术研究开发中心常务副主任任鲁风公开发文，矛头指向华大基因（以下称“华大”），起因是7月2日华大获得 CFDA对其两款二代基因测序仪及检测试剂盒的审批，任鲁风对华大产品本身及或存在超常规审批提出了质疑。
华大的获批的两款产品分别为BGISEQ-1000和BGISEQ-100。前者是华大在2013年3月份收购美国测序仪生产商CG(Complete Genomics)的原有测序仪；后者则是华大及其下属子公司和Life Technologies公司在2013年3月签订的合作开发协议共同开发的基于半导体芯片测序的技术的仪器。
华大集团公共传播与政府事务首席代表徐萍对外界质疑提出回应
任鲁风质疑点之一：测序通量不够
“此次华大获批的4个产品，说穿了就是华大去年3月收购CG公司（Complete Genomics）所获得的测序系统，以及LifeTech公司（Life Technologies，现被Thermo Fisher收购）的Ion Proton系统（也有说法是Ion Torrent系统，但从唐筛测序技术上看，Ion Torrent即使采用318芯片，其最大500万条读出序列的通量也远远不够用，国外在唐筛方面的应用一般需要测到3000万条序列），摇身一变成为了BGISEQ-1000和BGISEQ-100两款仪器，至于试剂盒，则是这两款机型的配套基础测序试剂。从CFDA数据库信息显示，这两款仪器在武汉生产，试剂则是在深圳生产。对此，本人的直接反应就是，困惑和疑问。”
华大回应：临床验证符合率均达到99%以上
华大方面表示，此次申请注册的产品经3个临床验证项目20余家药物临床试验机构，近超过10000例样本的临床验证，临床验证符合率均达到99%以上，最后经国家食品药品监督管理总局医疗器械技术审评中心和行业专家对测序仪联合本次申报的产前试剂联合评审，准予批准上市。
任鲁风质疑点之二：获批时间太快
“本人有幸去年底在深圳瞻仰过华大的CG系统，当时仅有的4台设备，半年时间就完成了医疗器械注册流程所需的标准体系建立、产品检验、临床试验和审批程序，当真如公告中所言，“在相关产品注册工作中精心组织、加强协作、严格审评，在确保产品安全、有效前提下，保证了工作的进度”，可谓前所未有的效率。
LifeTech的Ion Proton系统2012年9月宣布上市，就开始在美国FDA申请注册，至今未果，华大在去年10月份购入一批，应该还不是如CG一般买断技术，结果同样8个月的时间就拿到了注册证书，老美是不是该自惭形秽一下，而且，这个证书是不是应该给LifeTech共享一下，毕竟是人家的技术，人家的设备，连芯片耗品也是人家的。”
华大回应：从开始准备到最终获证历时14个月
华大集团公共传播与政府事务首席代表徐萍对记者回应称：“华大的无创技术研发从2008年开始，为期五六年。从2013年3月全资收购CG获得全部知识产权后，开始进行技术转移、零部件到位、临床前试制，并按照医疗器械相关法规程序要求及流程准备至最终获证历时14个月。”
另外，任鲁风对两个试剂盒产品也提出了质疑：“根据CFDA数据库信息，产品性能结构及组成一项，即便都是罗列了测序前建库的试剂，压根没有测序反应的试剂组分，特别是对于Ion Proton系统最为关键的半导体测序芯片也没有提及。我们不得不当一次好奇宝宝，“胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒”难道不应该是建库加测序吗？Ion Proton I芯片是不是也能在“深圳市盐田区北山工业区11栋六楼西侧、综合楼九楼(901-905室)”（CFDA公布的试剂盒生产场所）国产了？亦或是注册审评过程中的专家们，啥叫建库啥叫测序，傻傻分不清楚？”对此华大没有回应。
链接：贝瑞和康新动态
2014年7月22日，同样推广无创DNA产前检测技术的北京贝瑞和康生物技术有限公司宣布与美国Illumina公司进行合作，双方共同开发一款用于无创DNA产前检测的新一代测序系统。据贝瑞和康方面官网的消息，目前，该系统的试剂盒以及测序设备在中国已经完成了临床验证，进入到CFDA医疗器械审批阶段的尾声。
记者致电贝瑞询问提交申请时间，申请过程等事宜，截至发稿，贝瑞未作出回复。
某省妇幼保健院一位专家表示，贝瑞和康与Illumina合作开发的Nextseq 500于2014年初推出，而针对中国进行改造的定制版本会更晚，时间不足。
同时，过去检测数据虽然已经积累20万例数，但是主要是基于HiSeq测序仪检测的, 而现在是Nextseq, 从官方公布技术原理来看，HiSeq是四色荧光，而Nextseq是双色荧光，这在检测获取图像和数据处理是不相同的，所以以前的数据没有延续性，不能互为验证。
此外，系统性评价需要时间，基于Nextseq双色荧光的试剂盒的稳定性至少需要7个月，而且还要在仪器和软件都准备就绪才能开始进行系统评价；公共数据库里的软件和数据库都需要积累，目前暂时没有任何文章是基于Nextseq这个系统发表的，科研都没走完，是不会应用于临床进行诊断的。
因此，她认为，贝瑞宣布的时间是3-4月份，经历临床，注册检测，最顺利的话12月份应该可以到CFDA申报。
而任鲁风在质疑华大基因等公司“引狼入室”、大力宣扬国产品种的“自主创新”时，其主导研发的紫鑫药业二代基因测序仪也备受关注。
备注：本文内容来自经济观察网及任鲁风博客。
