作为现代生物技术最前沿的发展方向之一，基因芯片近年被学界和相关公司联手推动快速发展。应用基因芯片可以在同一时间定量地分析大量的基因表达，具有快速、精确、低成本之生物分析检验能力，市场潜力甚大。
不过就国内市场而言，基因芯片对市场的刺激目前更多只是“概念”，市场需求仍有待培育。
国外出现发展高峰
据上海大学的研究人员介绍，基因芯片的基本运作过程是将基因片段固定于载体制成芯片，然后将其与荧光标记产物按碱基配对的原则进行固相杂交，继而对芯片上的荧光信号进行扫描，最后用计算机系统对荧光信号作比较和检测。
研究人员推测，随着基因芯片在医学领域的广泛运用，可能会对现有的医疗模式产生影响。“基因芯片运用在临床后，有可能查出绝大多数处于萌芽期而无临床症状的遗传性疾病，可以观测并预计病人的治疗效果，即时调整治疗方案，还能帮助寻找疾病治疗的靶基因，用于基因多态性、疾病相关性、基因药物开发和合成以及天然药物筛选等。”该研究人员如是描述眼中的蓝图。
正因如此，国外生物芯片技术正迅速发展，并呈现发展高峰。目前全球基因芯片产业产值大约在70亿美元左右，预计到2020年将达到200亿美元。据不完全统计，美国Affymetrix公司的市占率最高，达到50%左右，同样位于美国的Agilent和Illumina市场份额位于第2、3位，合计占到30%。目前基因芯片产业主要集中在欧美发达国家市场，在科研、生物制药、临床诊断方面获得了较广泛的应用。
国内尚处起步阶段
与国外的高速发展相比，国内基因芯片市场仍处于起步阶段，还未形成产业化，主要应用在科研领域，市场规模较小。
平安证券分析师唐文认为，其原因一是国内基因芯片应用领域开发不足，下游目标用户少，主要是各类科研机构，功能集中于科研和技术的研发；二是基因芯片诊断成本较高，国内患者的承受能力，目前还无法大规模推广。不过他强调，未来随着技术的进步和检测需求的增加，基因芯片技术的规模效应将使其相对传统方式存在优势，国内也将迎来产业的爆发点。
基因芯片技术应用领域主要包括疾病诊断和预测、新基因发现、基因突变及多态性分析、药物筛选等。其中基因芯片辅助诊疗在癌症和一些遗传性疾病方面表现尤其出色。据介绍，采用基因芯片诊断技术对患者采血化验，可以判断部分与癌症相关基因有无突变或缺失，进而明确病情。而在产前筛查领域，目前知道有600多种遗传疾病与基因有关，基因芯片已应用于血友病、杜氏肌营养不良症、地中海贫血、异常血红蛋白病、苯丙酮尿症等遗传性疾病的检测。
目前国内基因芯片在医学诊断领域发力较快。华大基因在2010年底在国内开展唐氏综合征（新生儿发病率约为1％、占小儿染色体疾病的70%~80%）的初步临床合作与应用工作，2011年在广东省和天津市获批正式进入临床应用。目前该公司已累计检测样本超过4万例，检出缺陷胎儿400多例，据称其准确率可达99%以上。
不过，由于基因芯片技术可进行检测的机构较少，且费用过高，唐氏综合征单次检测的费用就为几千元，因此在产前筛查领域大范围推广难度仍然较大。
从经济效益来说，基因芯片最大的应用领域可能是制药厂用来开发新药，国际上有不少制药企业介入基因芯片的开发。药物靶点筛选是当代药物开发的第一步，也是药物筛选及药物定向合成的关键因素之一。利用基因芯片，从疾病及药物两个角度对生物体的多个参量同时进行研究，发掘药物靶点并同时获取大量其他相关信息，其集成化的分析手段比传统分子筛选更具有优势。据悉，国外制药相关芯片公司的商业运作模式就是基于基因芯片技术平台，建立了包括大量小分子化合物的数据库，提供给药物开发商，大幅提升靶点、药理、毒理等方面研发的效率。
对此，有企业研发高管坦言，基因芯片技术未能在国内新药开发中充分发挥作用的原因或与当下企业的研发思路有关。他指出，不少企业仍把国际合作视为企业研发效率最大化的重要途径，“通过引进高质量的研发项目，把早期研发放在国外，中后期才借助国内拥有丰富的临床研究资源、相对较低的研发人才和临床试验成本，以有效缩短研发周期，整合研发资源。”
基因芯片技术未能在国内新药开发中充分发挥作用的原因，或与当下企业的研发思路有关，在国际合作中，通常把早期研发放在了国外，中后期临床研究才进入国内。
