说到测序,大家的印象是费用一降再降。人类基因组计划暂且不提,从乔布斯花10万美元进行基因组测序,到如今目录价仅为数千美元,测序费用的确在显著下降。
据美国国家人类基因组研究所(NHGRI)估计,在2001年进行个人基因组测序的成本约为9500万美元。从那时起,测序成本以类似摩尔定律的轨迹呈现指数下降,这意味着测序成本每两年下降50%。到2007年春季,完成个人基因组测序的成本仍要近1000万美元。就在此时,新一代测序仪的出现,使得测序成本以远远偏离摩尔曲线的速度下降。到2011年初,完成个人基因组测序的成本约为2万美元,且继续急剧下降。
NHGRI的这张图曾在多个地方出现,但最近也有学者表达了不同的看法。英国利物浦大学基因组研究中心的Neil Hall在《Genome Biology》杂志上发表了题为《淘金热过后》(After the gold rush)的评论文章,指出从2012年4月到10月,人类基因组的测序成本增加了717美元,即每Mb的费用从6.5美分增加到7.3美分,上升12%。
Hall在文中写到,试想一下,如果显微镜每年都强大10倍,那么你可以每几个月就开展一次相同的实验,在同一张玻片上发现新的东西。这样,你不需要新的idea,就能发表有趣的结果。而过去十年在基因组学领域,人们也是这样做的。
随着测序成本的下降,过去因为太昂贵而无法开展的实验现在可以开展了。然而,在完成了一个人类基因组测序之后,你会怎么做?测序1000个基因组,2000个基因组?微生物组,转录组,地球?Hall认为,许多(但并非全部)基因组实验都不巧妙,它们仅仅是通过巧妙的技术来实现的蛮力项目。技术代替了我们进行思考。然而,正如所有生态系统或经济体的指数趋势,终有走到尽头的那一天。
另一位研究人员Mick Watson也在其博客(Opiniomics)中绘制了另一幅图,以价格变化相对原先价格的比例来研究变化率。他认为,没错,测序成本是在下降,但从2007年底、2008年初开始,成本降低的变化率一直呈上升趋势,即随着时间的推移,成本降低一直在上升。
Neil Hall认为,未来这种指数下降的趋势将停止,在很长一段时间内,我们将使用一种静态的技术。这种变化应激发基因组学研究人员去重新思考他们的实验,并重新评估廉价基因组将很快涌入临床的想法。他希望大家不要去追逐更大的数量和更深的覆盖,而是投入更多资源来探索这项技术的真正潜能。