Nabsys公司定位测序系统首次公开亮相

2013-02-26 16:29 · wenmingw

在2013年基因组生物学技术进展年会上,DNA技术创业公司Nabsys首次公开了该公司的定位测序系统。借助这种新颖的设备,研究者可以对基因组中的DNA进行定位。

2月20号至23号,2013年基因组生物学技术进展年会(AGBT,Advances in Genome Biology and Technology conference)在美国佛罗里达州马尔科岛举行。DNA技术创业公司Nabsys在展会上展示了该公司固态测序仪(solid-state sequencing machine)。借助这种新颖的测序仪,研究者可以确定长链DNA的组织结构,这与目前现有技术先对短链碱性测序然后借助软件进行拼接的策略不同。这种新的系统首先将是对现有技术的一个补充,但是它最终将提供比其他技术更加便宜而快速的测序。

了解DNA序列在染色体上的总体序列对于疾病的研究与治疗来说非常重要,但是这样的总体“图像”并不容易获得,因为大多数的测序都采用小片段方法。因为这些方法不能始终确保长的重复序列的排列情况,从而不能识别确实序列、额外序列或重复序列,而这些序列都是有可能导致疾病的。

领导华盛顿大学纳米孔物理实验室的物理学家Jens Gundlach解释说:“如果你在将DNA链打断的传统测序中遇到这些重复区域,你很难知道它到底重复了多少次。”

一年前,同样是在基因组生物学技术进展年会上,牛津纳米孔等公司公开了纳米孔测序技术,但是到目前为止依托这种技术的测序平台还未见上市销售。这种测序技术是利用生物纳米孔隙来进行DNA分析,通过限制DNA链通过纳米孔的速度而读出DNA链的序列。

Nabsys的技术也需要将DNA链通过一个孔隙,但是不是牛津纳米孔公司及其他公司所采用的蛋白孔,而是利用一种固态芯片上的小孔。据报道,牛津纳米孔公司的技术中,DNA链通过纳米孔的最大速率是每秒400个碱基,而Nabsys则宣称它的系统每秒能够读取100万碱基。这种速度在临床应用中十分重要,因为需要进行快速诊断从而确定治疗方针。

Nabsys的新技术中需要用到预制的短DNA链作为探针。每个探针都是由四种碱基构成的组合短链,能够与待测DNA的匹配区域结合。通过观测DNA复合物穿过固态芯片上的孔时所发生的电流变化,Nabsys技术可以检测到探针在待测序列上的结合位置。在进行基因组测序时,需要利用数千的探针。通过结合不同DNA序列的大量探针位置,Nabsys可以重建出长链DNA的图谱。


Gundlach说:“Nabsys技术本身并不是一种DNA测序技术。它是一种更为复杂的寻找DNA上特定区域的过程。”他表示,这种技术是“对现有测序技术的补充并在帮助这些技术提供测序连续性。”

Nabsys公司最开始时着眼于成为现有下一代测序技术的补充技术,但是如果有更多的探针用于样本分析,则它的技术可以提供全序列信息。


在展会期间,Nabsys现场演示了其平台。现场观看的嘉宾在网上贴出了自己的体会与看法:

为安全起见,Nabsys公司在演示的时候用的是自带的两个样品,一个是λ噬菌体DNA,另一个是合成的20kb大小的标准,每一个样品的DNA均有Nabsys公司专有探针的结合位点。这样做能够完美地表现出探针的高精度,精确度接近20bp。不过很显然,这种人为的测试环境并不能代表真实的使用情况。

在样品准备与纯化方面,利用光学法进行序列作图需要高分子量DNA,这就要求在琼脂糖中进行繁琐的细胞裂解过程,不过Nabsys很有信心,表示只需利用标准的柱处理即可。

软件方面,初始版本会根据Nabsys产生数据进行作图并与序列数据进行整合。未来的版本也许会直接将Nabsys数据整合至组装过程。

Nabsys的通量非常大,达到了1Mbp/秒,即便是细菌基因组的20X覆盖测序需求也可以在几分钟内实现。理论上,对人类基因组的有效覆盖度测序可在一天之内完成。不过目前,Nabsys的目标是100Mbp以下的基因组。

Nabsys的仪器还有一个特征就是通过电池来支持运行的。这就使得该仪器能够用于食源性疾病援救或流行病学研究。在便携性方面,Ion Torrent已经推出了相应的产品,而在微生物基因组方面PacBio也有相应的产品,只不过不是便携式的。不过这三家的仪器产出的是不同方面的数据,因此,Nabsys需要做的就是自己的便携式设备在流行病学研究中能够产生有价值的数据。

Nabsys也表示这次并不是产品发布,因此毫无疑问,下一阶段的工作便是与科学家合作看该仪器是否能真正地解决一些问题。