2012年10月27日，在北京大学生命科学学院举办的北京大学第二届生物交叉学科学术论坛上，北大生科院院长饶毅突然向与会的华大基因执行总裁王俊开炮，质疑华大基因拿国家钱为外国做事，学术产出没有华大自己的idea。
华大基因拿国家钱为外国做事？
饶毅一开始就打出了一记重拳：他(华大基因)的问题不在于测序，而在于整个的操作，贴了中国的钱为富裕国家做事。饶毅所称的“贴了中国的钱为富裕国家做事”又是所指何事？
据报道，2011年深圳华大基因及其分部欧洲华大基因共同出资6000万丹麦克朗（约6480万人民币元）支持丹麦一项为期5年的大规模丹麦人基因组学研究项目（丹麦由“丹麦国家高技术基金会”出资8600万丹麦克朗资助）。该研究项目的目标是组建“丹麦大规模基因组测序及生物信息学分析研究中心”。据华大基因透露，该中心的研究将围绕两大项目开展。其中一个项目是对新病毒的鉴定并研发出具有专利的商业用疫苗，另一个项目是建立一个包含丹麦人群的数百万遗传变异信息的数据库，从而为多种常见疾病的遗传及预防研究奠定基础。
华大基因参与的丹麦某研究项目出资比例
华大基因目前正在进行多少类似的国际合作研究外界不可知。尽管说科学无国界，华大基因巨资支持此类项目无可厚非，从理性的角度，科学研究不应该夹杂有狭隘的民族观念。但是从感性的角度，华大基因在中国人种中开展此类研究如否更好呢？饶毅的突然发难是否基于这样一种情绪，或者说因为这样的项目而引发，只有问饶毅本人。
2010年初，华大基因购买了Illumina公司的128台HiSeq 2000测序仪，这是迄今为止华大基因历史上最大的一笔订单。据报道该仪器的目录价格为69万美元，每年的试剂费用为10-20万美元。这128台Hiseq2000订单也是Illumina公司推出HiSeq 2000型号以来最大的一笔交易。在纳斯达克股票交易市场，Illumina公司的股票上涨16%，跃升至年内最高点。坊间评论称，华大基因的作用就是花大价钱养活了国外的仪器商，这话也非空穴来风。
饶毅质疑华大基因在“贴国家的钱”，那哪些是国家的钱呢？见诸公开报道的有华大基因2007年迁往深圳后获得深圳无偿提供的每年2000万，还有2009年末，华大基因与中国国家开发银行签订的涉资15亿美金十年的战略发展合作协议。对于饶毅的质疑，王俊答复称“华大三分之二的收入是国外的”，“绝对cover” 128台机器及运行成本。饶毅回称：“好吧，这是内部的事情……”
但是必须要指出的是，不管是饶毅还是其他人的质疑也仅仅是停留在质疑层面，华大基因确实得到了国家的支持，但是我们不能把质疑当结论。2010年12月华大基因研究院院长汪建在接受《中国企业家网》专访时就透露，华大基因2007年至2009年华大的收入分别是4000万，1.2亿，4亿。2011年，汪建也确认了2010完成了10亿的营业收入。2011年5月，汪建2012年预计华大收入将达到100亿元。如果这些数据属实，华大基因应该已经有能力以自己的营收去支持各类项目。
华大只会拿别人的idea做学术吗？
对华大基因的质疑一直存在。一些人士认为，华大基因的项目其实没什么学术含量，从国外巨资购买仪器让一帮年轻人测序，本身并没有很强的竞争力。
华大基因的竞争力到底在哪里？在2011年6月18日的粤港生物科技合作论坛上，一位听众向华大基因香港研发中心有限公司执行总监王立志抛出了这个问题。
对于外界的质疑，王立志称：“华大还在成长过程中，距离成功还远。华大还有很多欠缺的地方，需要很多微生物、病理学等方面的专家加入我们的团队，这样才能让华大基因更好地走向国际。”
汪建在基因科学与产业发展论坛上也表示：“也许我们没有那么强的研发力量，也许我们对很多事情的认识比较肤浅，但我们有本事拿出所有信息，挖掘信息并整理好，请专家、学者从整理好的信息中提炼出科学问题。”
饶毅这次的质疑也包括在此，他认为华大基因的工作并未是像真正的科学那样对某个领域的深入探究。
根据华大基因在其官网上公布的资料，在2001 -2012年之间，华大基因共发表了182篇学术论文，其中Nature系列28篇，Cell 系列3篇，Science系列8篇。华大基因发表的论文数量近来呈现井喷之势，最近3年接连超过20篇，这是2001-2009年之间未曾突破的数量，尤其在2001和2002年，发文数量仅为个位数。
华大基因历年署名论文总数与CNS系列论文数汇总
在中国目前的学术评价标准中，论文数量以及论文的影响因子无疑是一个铁的标准。但是是否一个机构能够产出惊人数量的高分论文就是公认的学术机构了？是否某人有相当多的高分署名论文就是科学家了呢？这是一个仁者见仁智者见智的问题，多数情况下是无法否认，也没有多少人敢否认。但是为什么具体到华大基因、王俊本人时，会有这么多的人持否定的呢？原因大概不外乎两点。
第一，华大基因的主业是基因组测序，在其发表的论文中，有相当一部分论文是物种全基因组测序分析。在测序技术已经发展成熟、操作流程化的今天，这样的工作是否会让其他研究机构、研究者心生不服？同等条件下，其他机构是否也能完成？正如在这次讨论中，有网友评论：华大基因是否打算把地球物种挨个测遍？此外，在一些确实由华大自主完成的研究中，例如王俊列举的糖尿病和肠道微生物群种的研究、癌症基因组比较研究等，这些研究的idea足够出彩、令人眼前一亮了吗？网友评论称这些idea“一个正常的受过生物学训练的博士都能想到”，尽管这样的说法有些偏激，但是无疑也说明华大的这些工作未达到业内人的期待。
第二，在华大署名的文章中，华大的贡献程度是否足够服众？毫无疑问，目前世界上做基因组测序产能最大的机构是华大基因，这使得华大基因成为全世界做基因组研究的机构的首选之一。众所周知，现在做基因组研究的论文发表相对容易，做基因组研究离不开基因组测序，基因组测序离不开华大基因，这样一条完整的路线走下来，华大基因署名文章想不多都难。但是在每篇文章背后，华大基因在承担了测序的工作之外还有多大的贡献，只有华大和合作者自己知道了。就像饶毅的众多质疑之一：测序只是你们能做的。
华大基因定义自己为成功的“产学研体系”。华大基因不是一个科研机构又如何？王俊自己也表明了，“华大本身不是一个科学体系”。就是这样一个自己和外界都不认为是科研机构的机构，却发表了如此多数量的学术论文。在中国上千家体制内科研机构中，又有多少在只想着兑发票，耗着国家的钱又做不出成果呢？无论怎么说，华大基因的论文产出是有目共睹的。
网友犀利评论
这场争论被曝光后迅速在网络上引起了激烈的讨论。有针对华大基因的尖锐批评甚至是讽刺，有对华大基因坚定不移的支持，也有中肯评价与期待。
批评华大基因
@江西大奇生物科技有限公司：平时里，饶院长是大嘴、瞎说。这一次，我非常支持饶毅！华大还真的是一群小P孩，没什么Idea，不知道自己价值观在何处。常常开会时，我把华大当成反面教材。让员工树立正确的价值观。
@marcosx：支持饶，华大最大的贡献就是发一堆paper外加养活了老美几家测序仪制造商。
@生物汇：华大基因俨然成了学术暴发户。它的成功，可以说是天时地利人和多个因素造就的。正好赶上了基因组测序的最快速，也是最火热的发展期。但是很多的paper内容就是做物种测序，难道它想把地球上物种全来一遍，然后向火星进军？BGI有那么好的条件，应该做的更深入一点。我想这是饶毅发难的主要原因吧。
@大力水手波派爱菠菜：饶毅的意思理解为：华大若真能造福中国的话，华大自主开发一些测序方法，生产测序仪器，而不是高价买国外的测序仪。王俊未能直面这个问题，如果不生产，研发测序技术，而是利用测序仪器去做一些试验设计，这种也算创新，能给我们带来多少启迪吗？这跟外国人发明CT和MRI，医院买回来用它发点文章类似不？
力挺华大基因
@陆道培血液肿瘤中心刘红星：说华大花了国家的钱，只发了一些paper，但那些个也拿了很多国家钱的研究所，又发了多少paper，为社会培养了多少能用的人才呢？我倒觉得从社会效益方面来看，华大花国家同样多的钱产出的社会效益比很多研究所还是高一些。。
@SeqWorks：虽然我不是华大的粉丝，但我要为华大说几句话：华大是中国测序的黄埔军校。你知道很多Illumina和Life Tech中国公司的技术支持是从华大出来的。多少NGS创业公司的人是从华大出来的。作为新生事物，包括组织结构和体系，华大都是在摸索，不容易。我们不能因为国民党没打败日本就否定黄埔军校的影响。客观的说，华大也是一种模式的探索，有积极意义的一面，而且也开发了一些比较好的工具例如SOAP系列。我们应该更加包容。饶毅指责华大拿中国的钱为富国做事，这对华大不公平，施一公解蛋白结构对中国有意义么，没有；饶毅做神经生物对中国有意义么，没有。
中立的探讨
@基因炼金师_BGI：饶毅与WangJ的论战非常有价值，希望有更多的人参与讨论华大的模式，并且最好能有中国主流科学界的广泛参与，目前的情况是国内体制内生物学术圈刻意回避忽视华大现象，无视华大的成就，因为关注意味着触及到科研体制深层次的症结——做科研究竟是为了什么，是文章、职称，还是为民生解决实际问题。
@xiangwen郝：这个争论算是多年非议的爆发，很多人包括有名气的资深科学研究人员把测序理解的相当简单，没什么技术含量，都是拿国外现成技术做测序，没什么原创发现，所以华大不算一流的科研机构。那么什么是原创呢？我认为简单的判断方法是别人有没有做过，别人有没有做出来。儿童的问题最多，也最有idea。
@赛业大哥风：矛盾是社会发展的源动力，生命科学也不例外。我们平时在公开场合听到的多半都是官场套话，很难听到反对的声音，这使得我们多个领域的发展过去总是落后于西方。希望这是个好的开端，中国需要这样的学者，也需要这样的声音。
@foshuochanyu：有一点可以肯定，华大在测序技术和服务上有很突出的贡献。但是，学术价值的评判要等基因组测序像PCR一样便宜和容易时，才比较客观。因为毕竟华大占据了独一无二的资源。
当事人回应
@王俊华大基因：一场学术讲座，一次争论而已。是不是科学家也不是谁定义的。华大以推动基因组学发展为己任，也必将在组学基础上发展出服务于老百姓生活与生产方式的新产品。这种产学研一体化的崭新发展模式有争议很正常，毕竟我们都在成长着。
