Illumina测序平台中整合分析软件 方便医生共享信息

2012-09-27 09:16 · wenmingw

Illumina宣布将在其生产的台式测序平台中整合一个软件,利用该软件,医生可以方便地进行信息共享,能够更加有效地促进基因组分析在临床医学中的应用。

DNA测序在医疗中的应用越来越多,不过对医生来说,要弄懂那些数据并不是件简单的事情。测序仪制造商Illumina宣布将在其生产的台式测序平台中整合一个软件,用来帮助医生解决这一难题。这个分析工具最令人感兴趣的一个功能就是分享功能,这有可能是开启基因组学在医学中应用的关键。

每个人的基因组都充满了变异,研究认为任何两个人的基因组之间存在大约300万的差异位点,大多数的这些被称为变异的基因组上的差异是无害的。但是,还是有一些是可以导致疾病发生,有一些与疾病的发生几率有关。当怀疑某个变异会影响到身体健康时,医生可以去科学文献中去查找线索,不过他们可能找不到有用的信息,也可能找到的是针对整个人群的信息,对于单个患者却不适用。

医生们希望,当他们发现某个重要基因中的变异可能影响健康时,他们能够获知在他们之前是否已经有人知道了这个变异。不过,目前还没有医学相关变异的数据集合共医生们使用。美国NIH建立了一些与疾病也药物反应相关的遗传变异数据库,不过这些数据库更适用于科研用,而不是医生用。

Illumina为此提出了一个解决方案。该公司的合作伙伴Partners HealthCare曾开发了一款整合软件,在24000多例疾病临床分析中进行了应用。这款软件可生成一个包含有用信息的报告,如某位患者的一个变异是如何影响改变异所在基因的行为,是否需要检测某一两个基因拷贝的影响等。如果一个实验室此前曾见过某个变异,报告中可能会描述其对健康的影响。这种共享网络的理念对于基因组数据分析的帮助十分有力。

Illumina将会把这款软件应用到疾病相关序列的分析中。上周,该公司已经开始在孤独症、癌症、心肌病以及一系列遗传病中进行了测试。通过对目标基因进行测序,医生和研究者可以提高速度并减少分析的成本。Illumina的客户可以利用Partners Healthcare的软件生成报告,这将有利于增强这种测序技术的效用。

Illumina的一位科学家Tim McDaniel说:“如果我在我的实验室发现了一个从未见过的变异,我可以到这个网络上去查找,看是否有其他的实验室以前曾经见过这个变异,并看看他们是怎么归类这个变异的。我们在这里要实现的目标就是让每个实验室都处在网络中,这样问题就变成了‘有哪个实验室见过这个变异吗?’而不是‘我的实验室以前见过这个变异吗?’”。