研究主题
每一个科研领域的小伙伴们，所在的科室，实验室都会有一个研究的方向。那么，我们的目的就是从分子角度去选择一个点，来解释这个问题。问题很简单，相对正常，脂肪肝模型中有哪些特异性表达的分子，他们怎么就影响了脂肪肝的形成。
研究材料
做实验总要有实验材料，凭空想象是想不出数据的。在这里，研究人员以高脂肪喂育的小鼠模型（NAFLD）和正常小鼠的肝脏为研究材料，来寻找脂肪肝的发生机制。研究对象
搞科研要有新意，mRNA，miRNA，这些研究的比较多的分子，现在想发文章，相对难度就大了。因此，研究人员以lncRNA为主要研究对象，想看看，脂肪肝中，到底有哪些lncRNA是比正常肝差异表达的。怎么去筛选呢？高通量SBC mouse lncRNA array（全基因组筛选平台，包含lncRNA和mRNA）由上海伯豪生物技术有限公司提供。研究思路
结果分析
用完芯片筛选，能拿到什么结果呢？怎么去分析和往下走呢？
（a）差异lncRNA统计分析
结果显示，相比正常小鼠，脂肪肝模型小鼠共有291个差异表达lncRNA，111上调，180下调。
这些差异的lncRNA有什么生物学功能呢？通过cis和trans靶基因预测，研究人员共找到了12606个cis靶基因和70574个trans靶基因。虽然lncRNA没有功能数据库，但是通过靶基因的功能富集，是能间接推断lncRNA功能的。因此，通过分别把上调和下调的lncRNA的cis和trans靶基因进行GO和KEGG的pathway富集分析。研究人员发现很多和脂肪酸代谢，固醇类合成等相关的生物学功能和信号通路得到了富集。因此，脂肪肝的出现，很有可能是这些与脂类代谢相关的lncRNA的异常表达引起的。
（b）差异mRNA统计分析
mRNA是理解生物学功能的直接分子，通过对差异mRNA统计，发现有89个上调和177个下调的mRNA。GO和KEGG富集分析显示，也是氧化降解，脂肪酸等生物学过程和通路显著富集。通过将lncRNA靶基因和差异mRNA功能富集的结果进行比较分析，研究人员发现主要的通路里有39个mRNA，既是lncRNA的靶基因，也是差异表达的mRNA。因此，这些lncRNA很有可能是通过cis或者trans调控靶基因，进而影响了脂类代谢相关的信号通路，引起脂肪肝发生。
（c）qPCR验证芯片结果
做完芯片，qPCR验证是永远少不了的。这里，研究人员对9个mRNA和8个lncRNA（命名为FLRL，脂肪酸相关lncRNA）进行了验证。可以看到，芯片和qPCR验证结果高度一致。因此，运用高通量芯片平台，确实找到了一些客观异常表达的脂肪肝相关lncRNA和mRNA。
（d）lncRNA功能验证
做完了芯片筛选，差异分析和验证，做点功能实验是现在的主流必备。通过构建细胞模型，研究人员分别在细胞中过表达和敲降了FLRL2，然后看它的靶基因Arntl的表达变化。结果显示，敲降FLRL2后，靶基因Arntl表达下调；过表达FLRL2后，靶基因Arntl表达上调。因此，细胞功能验证也确实证明，通过模型筛选到的lncRNA是能影响下游靶基因的表达，进而和脂肪肝的发生是有关联的。
点评
看了这篇文章，小伙伴们肯定已经很清楚了，找到研究的主题，高通量芯片筛选，差异基因分析与验证，最后用细胞实验来进行确认。整个过程简单有效，虽然没有把生物学过程说的非常清楚，但至少找到了和某个疾病相关的作用分子。简单除暴，又不失文雅。
原文出处：Chen Y, Huang HX, Xu CF,Yu CH, Li YM. Long Non-Coding RNA Profiling in a Non-Alcoholic Fatty Liver Disease Rodent Model: New Insight into Pathogenesis. Int J Mol SCI 2017.
