格致健康高性能基因数据计算平台Xiphias亮相第七届生物信息学大会

2016-11-11 15:13 ·

10月7日作为“第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学与精准医学前沿研讨会”的受邀企业,格致健康带来了自主研发的Xiphias计算平台,一经展出便受到了各大媒体的关注。

一、第七届全国生物信息学大会在蓉召开


2016年精准医疗作为战略新兴产业被正式列入国家“十三五发展规划”。众所周知,精准医疗是一个系统工程,想要将海量基因数据进行高效地储存、计算和管理,如何构架一个综合性的数据库和快速计算平台就成了关键挑战。格致健康作为一家专注在大健康领域积极拓展肿瘤基因检测与个体化治疗的研发型生物科技公司,也将“大数据创新驱动”列为公司首要发展战略。10月7日作为“第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学与精准医学前沿研讨会”的受邀企业,格致健康带来了自主研发的Xiphias计算平台,一经展出便受到了各大媒体的关注。


二、格致健康基因数据计算平台亮相大会


在本届大会上,格致健康展示了其研发的Xiphias计算平台,该计算平台采用异构计算的架构,将FPGA(现场可编程逻辑门阵列)融合到传统的服务器或PC上,大大提升了基因数据处理的速度并降低了功耗。目前,Xiphias平台已经可以完成基因数据的比对、排序、重复标记等计算任务。

图为格致健康演示现场


在会议现场的演示环节中,格致健康的工作人员在一台PC中插入了FPGA板卡,构成了一台Xiphias计算平台。演示结果显示,该Xiphias计算平台可以在2分钟内完成对150倍全外显子组基因数据的比对、排序等计算,而在传统的高端服务器上,完成同样计算需要花费二十分钟,并且两者的计算结果一致。与此同时,格致健康的工作人员表示,对30倍测序深度的人类全基因组数据,Xiphias计算平台可以在11分钟内完成比对计算,而传统的高端服务器需要花费4个小时左右完成比对。


三、格致健康黄柯博士接受记者采访


格致健康的黄柯博士在会议现场对《中国日报》记者这样解释:“Xiphias采用的基于FPGA的异构计算,在保证结果一致性的前提下,将基因分析流程高度流水化、并行化,使得计算速度实现数量级的提升。与此同时,由于FPGA的高度定制性,一块FPGA板卡的功耗仅为30W左右,其功耗仅为高端服务器数十分之一。当前,基因数据的计算通常在数据计算中心完成,而一个数据计算中心功耗开销极大,其一年的电费就可以重新建立一个新的数据计算中心。因此,格致健康的Xiphias具有低成本、便捷、体积小、节能环保、高速的特点,未来将可以取代目前的计算集群和超算中心,为基因数据计算提供高性能服务;同时,Xiphias也可以为科研机构、测序中心、医疗机构提供方便快捷的本地化计算解决方案,保证数据的安全。”

图为黄柯博士接受《中国日报》记者采访


目前,格致健康已经与苏州中太服务器等厂商达成深度合作意向。未来,Xiphias将支持多种计算平台,可以搭载于PC、X86服务器、Power系列服务器上,以提供全方位的基因高性能计算服务。